ヒガンバナ科の系統概要

　┌アガパンサス亜科(Agapanthoideae)
┌┴ヒガンバナ亜科(Amaryllidoideae)
│　└┬────────ホンアマリリス連(Amaryllideae)
│　　│　┌──────キルタンサス連(Cyrtantheae)
│　　│┌┴┬─────カロステマ連(Calostemmateae)
│　　└┤　└─────マユハケオモト連(Haemantheae)
│　　　│┌アメリカ・クレード(American clade)
┤　　　│││┌アマリリス・クレード(hippeastroid clade)
│　　　││└┤└┬──グリフィニア連(Griffinieae)
│　　　└┤　│　└──アマリリス連(Hippeastreae)
│　　　　│　└アンデス四倍体クレード(Andean tetraploid clade)
│　　　　│　　│┌──ユーステフィア連(Eustephieae)
│　　　　│　　└┤┌┬ササガニユリ連(Hymenocallideae)
│　　　　│　　　└┤└クリナンサス連(Clinantheae)
│　　　　│　　　　└─ユーチャリス連(Eucharideae)
│　　　　└ユーラシア・クレード(Eurasian clade)
│　　　　　│┌────ヒガンバナ連(Lycorideae)
│　　　　　└┤┌┬──パンクラチウム連(Pancreatiese)
│　　　　　　└┤└──スイセン連(Narcisseae)
│　　　　　　　└───ガランサス連(Galantheae)
└─ネギ亜科(Allioideae)
　　│┌────────ネギ連(Allieae)
　　└┤┌───────ツルバギア連(Tulbaghieae)
　　　└┤┌──────ギリエシア連(Gilliesieae)
　　　　└┴──────リューココリーネ連(Leucocoryneae)

　　┌ヒガンバナ科(Amaryllidaceae)
　　││　┌ネギ亜科(Allioideae)
　　││　││┌クレードⅠ(Clade I) = ネギ連(Allieae)
　　││　││││　　　　　　┌アリウム・ニグラム Allium nigrum
　　││　││││　　　　┌┬┴アリウム・コレアヌム Allium koreanum
　　││　││││　　　┌┤└─アリウム・オブリクム Allium obliqum
　　││　││││　　┌┤└┬─セイヨウアサツキ(チャイブ)
　　││　││││　　││　│　　Allium schoenoprasumbr>
　　││　││││　　││　└─タマネギ Allium cepa
　　││　│└┤│　┌┤└┬──セッカヤマネギ Allium senescens
　　││　│　││　││　└──ニンニク Allium sativum
　　││　│　││　│└────アリウム・キアトフォルム Allium cyathophorum
　　││┌┤　││┌┤　　┌──アリウム・スピカタム Allium spicatum
　　││││　││││┌┬┴──マユハケニラ Allium karataviense
　　││││　│││└┤└───ヤマラッキョウ Allium nerinifolium
　　││││　│└┤　│　┌──ギョウジャニンニク Allium victrialis
　　││││　│　│　└┬┴──アリウム・オホテンセ Allium ochotense
　　││││　│　│　　└───ワイルド・リーク Allium tricoccum
　　│└┤│　│　│　　┌───アリウム・トリコッカム Allium cernuum
　　│　││　│　│┌┬┴───クマニンニク Allium ursinum
　　│　││　│　└┤└────ヒメニラ Allium monanthum
　　│　││　│　　└─────ハナネギ Allium siculum
　　│　││　└クレードⅡ(Clade II)
　　│　││　　│　┌────ギリエシア連(Gilliesieae)
　　│　││　　│　│　　　　└ギリエシア・グラミネア Gilliesia graminea
　　│　││　　└┬┴────リューココリーネ連(Leucocoryneae)
　┌┤　││　　　│　　　　　└ノトスコルダム・ボナリエンセ
　││　││　　　│　　　　　　　Nothoscordum bonariense
　││　││　　　└─────ツルバギア連(Tulbaghieae)
　││　││　　　　　　　　　└ルリフタモジ Tulbaghia violacea
　││　│└ヒガンバナ亜科(Amaryllidoideae)
　││　│　│　┌┬キルタンサス Cyrtanthus mackenii
　││　│　│┌┤└カロステマ・プルプレウム Calostemma purpureum
　││　│　└┤└┬ヒガンバナ Lycoris radiata
　││　│　　│　└ゼフィランサス・メソクロア Zephyanthes mesochloa
　││　│　　└スワンプリリー Crinum asiaticum var. pedunculatum
　││　└─アガパンサス亜科(Agapanthoideae)
　││　　　└─────────アガパンサス・コッディ Agapanthus coddii
　│└キジカクシ科(Asparagales)　　　　　　　　 ┐
┌┤　│　┌イトラン Yucca filamentosa　　　　　│
││　└┬┴フギレギボウシ Hosta yingeri　　　　├外群
┤│　　└オランダキジカクシ Asparagus officalis│(Outgroup)
│└ワスレグサ科(Asphodelaceae)　　　　　　　　 │
│　└ススキノキ Xanthorrhea preisii　　　　　　│
└アヤメ科(Iridaceae)　　　　　　　　　　　　　 │
　└アヤメ Iris sanguinea　　　　　　　　　　　 ┘