ThunderBird 68.x系に対応したColor foldersの配布が、下記サイトで正月休み中に始まっていたようです。早速、68.3.1(64bit)で試したところ、問題なく動作することを確認しました。60.xで使っていた色の情報もそのまま引き継いでくれました。
Colored Folders 1.3.4
　このプラグインが有ると無いとでは、作業効率が大きく違います。開発に携わった皆様に御礼申し上げます。
　TB 60.x系で使用できるColor folders