┌サンショウ亜科(Zanthoxyloideae)：Clade C───────┐
　　　　　　┌┴Clade B　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　│
　　　　　　│　│　　┌ミカン亜科(Aurantioideae) ──────┐　　　│
　　　　　┌┤　│　┌┤└広義のミカン属 Citrus s.l.　　　　　│　　　│
　　　　　││　│┌┤└ハプロフィラム亜科(Haplophylloideae)　│　　　│
　　　　　││　│││　└ハプロフィラム属 Haplophyllum　　　 │　　　│
　　　　　││　└┤└アミリス亜科(Amyridoideae)　　　　　　　│　　　│
　　　　　││　　│　└┬ネオリディウム属Cneoridium　　　　　│　　　│
　　　　　││　　│　　└アミリス属Amyris　　　　　　　　　　│　　　│
　　　　　││　　└ヘンルーダ亜科(Rutoideae)　　　　　　　　 │　　　│
　　　　　││　　　│　　┌┬タムノスマ属 Thamnosma　　　　　│　　　│
　　　　　││　　　│　┌┤└マツカゼソウ属 Boenninghausenia │　　　│
　　　　┌┤│　　　│┌┤└ヘンルーダ属 Ruta　　　　　　　　 │　　　│
　　　　│││　　　└┤└サイロペガヌム属 Psilopeganum　　　 │　　　│
　　　　│││　　　　└クロロキシロン属 Chloroxylon　　　　　│　　　│
　　　　││└ネオルム亜科(Cneoroideae)：Clade A　　　　　　　│　　　│
　　　　││　│　　　┌┬ケドレロプシス属 Cedrelopsis　　　　│　　　│
　　　　││　│　　┌┤└ボッテガ属 Bottegoa　　　　　　　　 │　　　│
　　　　││　│　┌┤└プタエロキシロン属 Ptaeroxylon　　　　│　　　│
　　　┌┤│　│┌┤└ネオルム属 Cneorum　　　　　　　　　　　│　　　│
　　　│││　└┤└ハネザンショウ属 Harrisonia　　　　　　　 │　　　│
　　　│││　　│┌┬スパテリア属 Spathelia　　　　　　　　　│　　　│
　　　│││　　└┤└ソンレイア属 Sohnreyia　　　　　　　　　│　　　│
　　　│││　　　└ディクチオロマ属 Dictyoloma　　　　　　 　│　　　│
　　　│││　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　　│
　　　││└ニガキ科(Simaroubaceae)　　　　　　 ┐　　　　　　│　　　│
　　┌┤│　└┬ニワウルシ属 Ailanthus　　　　　│　　　　　　│　　　│
　　│││　　└レイトネリア属 Leitneria　　　　│　　　　　　│　　　│
　　││└センダン科(Meliaceae)　　　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
　　││　└┬マホガニー属 Swietenia　　　　　　│　　　　　　│　　　│
　　││　　└チャンチン属 Toona　　　　　　　　│　　　　　　│　　　│
　　││　┌ウルシ科(Anacardiaceae)　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
　┌┤│┌┤└┬カシューナットノキ属 Anacardium │　　　　　　│　　　│
　│││││　└ヌルデ属 Rhus　　　　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
　││└┤└カンラン科(Burseraceae)　　　　　　 ├外群　　　　│　　　│
　││　│　└┬ボスウェリア属 Boswellia　　　　│(Outgroups) │　　　│
┌┤│　│　　└ミルラノキ属 Commiphora　　　　 │　　　　　　│　　　│
│││　└キルキア科(Kirkiaceae)　　　　　　　　│　　　　　　│　　　│
│││　　└キルキア属 Kirkia　　　　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
││└ムクロジ科(Sapindaceae)　　　　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
┤│　└┬ハウチワノキ属 Dodonaea　　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
││　　└モクゲンジ属 Koelreuteria　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
│└ソーダノキ科(Nitrariaceae)　　　　　　　　　│　　　　　　│　　　│
│　└┬ペガヌム属 Peganum　　　　　　　　　　　│　　　　　　│　　　│
│　　└ニトラリア属 Nitraria　　　　　　　　　 │　　　　　　│　　　│
└ビーベルステイニア科(Biebersteiniaceae)　　　 │　　　　　　│　　　│
　└ビーベルステイニア属 Biebersteinia　　　　　┘　　　　　　│　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　　│
┌──────────────────────────────┘　　　│
ミカン亜科(Aurantioideae)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 │
│　　　　　　　　　┌広義のミカン属 Citrus s.l.　　　　　　　　　　　│
│　　　　　　　　　││　　┌┬メキシカンライム Citrus aurantiifolia │
│　　　　　　　　　││　┌┤└タヒチライム Citrus tahichiensis B　　│
│　　　　　　　　┌┤│┌┤└キンカン属 Fortunella　　　　　　　　　 │
│　　　　　　　　││││└┬カラタチ属 Poncirus　　　　　　　　　　 │
│　　　　　　　　││└┤　└アマダイダイ Citrus sinensis A　　　　　│
│　　　　　　　┌┤│　│　┌フィンガーライム属 Microcitrus　　　　　│
│　　　　　　　│││　└┬┴エレモシトラス属 Eremocitrus　　　　　　│
│　　　　　　┌┤││　　└クレメンティア属 Clymentia　　　　　　　　│
│　　　　　　│││└┬ゾウノリンゴ属 Limonia　　　　　　　　　　 　 │
│　　　　　　│││　└フェロニエラ属 Feroniella　　　　　　　　　　 │
│　　　　　┌┤│└ブルキランサス属 Burkillanthus　　　　　　　　　　│
│　　　　　││└┬ツゲコウジ属 Severinia　　　　　　　　　　 　　　 │
│　　　　┌┤│　└アタランティア属 Atalantia　　　　　　　　 　　　 │
│　　　　││└┬ナリンギ属 Naringi　　　　　　　　　　　　 　　　　 │
│　　　　││　└シトロプシス属 Citropsis　　　　　　　　　 　　　　 │
│　　　┌┤└┬スウィングレア属 Swinglea　　　　　　　　　 　　　　　│
│　　　││　└プレイオスペルミウム属 Pleiospermium　　　　 　　　　 │
│　　　││　　┌バルサモシトラス属 Balsamocitrus　　　　　 　　　　 │
│　　　││　┌┴アフレグル属 Afraegle　　　　　　　　　 　　　　 　 │
│　　　││┌┼アエグロプシス属 Aeglopsis　　　　　　　　　 　　　　 │
│　　┌┤├┤└ベルノキ属 Aegle　　　　　　　　　 　　　　　　　　　 │
│　　│││└グミミカン属 Triphasia　　　　　　　　　 　　　　　　　 │
│　　│││　┌モナンソシトルス属 Monanthocitrus　　　　　 　　　　　│
│　┌┤│├┬┴メロペ属 Merope　　　　　　　　　 　　　　　　　　　　│
│　││││└ウェンゼリア属 Wenzelia　　　　　　 　　　　　　　　　　│
│　││││┌パラミーニャ属 Paramignya　　　　　 　　　　　　　　　　│
│┌┤││├┴パンブール属 Pamburs　　　　　　　　 　　　　　　　　　 │
│││││└ルブンガ属 Luvunga　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　 │
││││└┬ゲッキツ属 Murraya　　　　　　　　 　　　　　　　　　　　 │
└┤││　└メリリア属 Merrillia　　　　　　　 　　　　　　　　　　　 │
　││└クラウセラ属 Clausena　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　│
　│└┬ミクロメルム属 Micromelum　　　　　　　 　　　　　　　　　　　│
　│　└ベルジェラ属 Bergera　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　 │
　└グリコスミス属 Glycosmis　　　　　　　 　　　　　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
┌──────────────────────────────────┘
サンショウ亜科(Zanthoxyloideae)：Clade C
│　┌Clade C4
│　││　　　　　　┌Clade C4f
│　││　　　　　　││　　　　　　　　　┌┬ピクレラ属 Picrella
│　││　　　　　　││　　　　　　　　┌┤└コンプトレラ属 Comptonella
│　││　　　　　　││　　　　　　　┌┤└メリコペ属A Melicope A
│　││　　　　　　││　　　　　　┌┤└サルコメリコペ属 Sarcomelicope
│　││　　　　　　││　　　　　┌┤└デュタイリエ属 Dutaillyea
│　││　　　　　　││　　　　　││　┌メリコペ属E Melicope E (platydesma)
│　││　　　　　　││　　　　┌┤└┬┴メリコペ属C Melicope C
│　││　　　　　　││　　　　││　└メリコペ属B Melicope B
│　││　　　　　　││　　　┌┤└┬マクルロデンドロン属 Maclurodendron
│　││　　　　　　││　　┌┤│　└オオバゲッケイ属 Acronychia
│　││　　　　　　││　┌┤│└メディコスマ属 Medicosma
│　││　　　　　　││　││└テトラクトミア属 Tetractomia
│　││　　　　　　││┌┤└シアノタムナス属 Cyanothamnus
│　││　　　　　　││││　┌┬ピタビアステル属 Pitaviaster
│　││　　　　　　│└┤│┌┤└メリコペ属D Melicope D
│　││　　　　　　│　│└┤└┬オガサワラゴシュユ属 Euodia
│　││　　　　　　│　│　│　└ブロンビャ属 Brombya
│　││　　　　　　│　│　├ジエリア属 Zieria
│　││　　　　　┌┤　│　├ペリオデンドロン属 Perryodendron
│　││　　　　　││　│　└ネオビルネシア属 Neobyrnesia
│　││　　　　　││　└ボロニア属 Boronia
│　││　　　　　│└Clade C4e
│　││　　　　　│　│　　　　　　　┌┬ラディノタムナス属 Rhadinothamnus
│　││　　　　　│　│　　　　　　┌┤└コリラエナ属 Chorilaena
│　││　　　　　│　│　　　　　┌┤└ネマトレピス属 Nematoleps
│　││　　　　　│　│　　　　┌┤└┬フェバリウム属 Phebalium
│　││　　　　　│　│　　　┌┤│　└ミクロサイベ属 Microcybe
│　││　　　　　│　│　　　││└ディプロラエナ属 Diplolaena
│　││　　　　　│　│　　　│└アステロラシア属 Asterolasia
│　││　　　　┌┤　│　　┌┤　┌┬フイロテカ属 Philotheca B
│　││　　　　││　│　　││┌┤└ゲレズノヴィア属 Geleznowia
│　││　　　　││　│　　│├┤└ドラモンディタ属 Drummondita
│　││　　　　││　│　　││└フィロテカ属 Philotheca A
│　││　　　　││　│　　│└┬ムイリアンサ属 Muiriantha
│　││　　　　││　│　┌┤　└エリオステモン属 Eriostemon
│　││　　　　││　│　││　┌┬レイオネマ属A Leionema A
│　││　　　　││　│┌┤│┌┤└レイオネマ属B Leionema B
│　││　　　　││　└┤│└┤└コレア属 Correa
│　││　　　　││　　││　├ミルトプシス属 Myrtopsis
│　││　　　　││　　││　└クロウエア属 Crowea
│　││　　　　││　　│└ハルフォルデイア属 Halfordia
│　││　　　　││　　└ネオシュミデア属 Neoschmidea
│　││　　　┌┤└ホップノキ属 Pentaceras
│　││　　┌┤└Clade C4d
│　││　　││　│　┌┬ピタピア属 Pitavia
│　││　　││　│┌┤└アクラデニア属 Acradenia
│　││　┌┤│　└┤└クロッソスペルマ属 Crossosperma
│　││　│││　　└┬ブシャルダティア属 Bouchardatia
│　││　│││　　　└ボシストア属 Bosistoa
│　││　││└ディノスペルマ属 Dinosperma
│　││┌┤└Clade C4c
│　││││　│┌┬ゲイイェラ属 Geijera
│　││││　└┤└コーテシア属 Coatesia
│　││││　　├ルナシア属 Lunasia
│　││││　　└フィンデルシア属 Finderasia
│　│└┤└Clade C4b
│　│　│　└┬ベプリス属 Vepris
│　│　│　　└イボデア属 Ivodea
│　│　└Clade C4a
│　│　　│┌サンショウ属 Zanthoxylum
│　│　　└┤┌┬ゴシュユ属 Tetradium
│　│　　　└┤└キハダ属 Phellodendron
│　│　　　　└ファガロプシス属 Fagaropsis
│┌┤┌Clade C3
│││││　　　　　　　　　　　┌シグマタンサス属 Sigmatanthus
│││││　　　　　　　　　　┌┴エリスロキトン属 Erythrochiton
│││││　　　　　　　　　┌┼アンドレアドクサ属 Andreadoxa
│││││　　　　　　　　┌┤└ネオラプティア属 Neoraputia
│││││　　　　　　　┌┤└ドリュアデス属 Dryades
│││││　　　　　　　│└アンゴスチュラ属 Angostura
│││││　　　　　　┌┤┌ラウイア属 Rauia
│││││　　　　　　│└┴ガリピア属 Galipea
│││││　　　　　┌┤┌タクソシフォン属 Taxosiphon
│││││　　　　　│└┴デスモテス属 Desmotes
│││││　　　　┌┤┌コンチョカルプス属A Conchocarpus A
││└┤│　　　　│└┴コンチョカルプス属B Conchocarpus B (Almeidea)
││　││　　　┌┤┌ラベニア属 Ravenia
││　││　　┌┤└┴エルタラ属 Ertela
││　││　　│└スピランテア属 Spiranthera
││　││　┌┤┌ホルティア属 Hortia
││　││　│└┴アディスカンテス属 Adiscanthus
││　││┌┤　　　┌ヘリエッタ属 Helietta
└┤　││││　　┌┴エセンバキア属 Esenbeckia
　│　│└┤│　┌┴マルフィン属 Balfourodendron
　│　│　││┌┴メトロドレア属 Metrodorea
　│　│　│├┴ヤボランジ属 Pilocarpus
　│　│　││　┌ペルトスティグマ属 Peltostigma
　│　│　││┌┴チョイジア属 Choisya
　│　│　│└┴プリタデニア属 Plethadenia
　│　│　└ホップノキ属 Ptelea
　│　└Clade C2
　│　　│　　　　　　┌マクロスティルス属 Macrostylis
　│　　│　　　　　┌┴ユーカエティス属 Euchaetis
　│　　│　　　　┌┴シェイランテラ属 Sheilanthera
　│　　│　　　┌┤　┌ディオスマ属 Diosma
　│　　│　　┌┤│┌┴アガソマ属A Agathosma A
　│　　│　　││└┴コレオネマ属 Coleonema
　│　　│　┌┤└┬アデナンドラ属 Adenandra
　│　　│　││　└アクマデニア属 Acmadenia
　│　　│┌┤└アガソマ属B Agathosma B
　│　　└┤├┬フィロスマ属 Phyllosma
　│　　　││└アガソマ属CAgathosma C
　│　　　│└エンプレウルム属 Empleurum
　│　　　└カロデンドラム属 Calodendrum
　└Clade C1
　　│　　┌ミヤマシキミ属 Skimmia
　　│　┌┴コクサギ属 Orixa
　　│┌┴ハクセン属 Dictamnus
　　└┴カシミロア属 Casimiroa

　┌スメルノキ Glausena excavata
┌┴クラウセラ・ハーマンディアナ Clausena harmandiana
┤┌┬ミクロメルム・ミヌトゥム Micromelum minutum
└┤└┬グリコスミス・トリチャンテラ Glycosmis trichanthera
　│　└┬グリコスミス・ペンタフィラ Glycosmis pentaphylla
　│　　└グリコスミス・モーリティアナ Glycosmis mauritiana
　│┌┬ゲッキツ Murraya paniculata
　└┤└メリリア・カロクシロン Merrillia caloxylon
　　└ミカン連(Citreae) ┐
┌───────────┘
│　┌┬パンブルス・ミッショニス Pamburus missionis
│┌┤└┬パラミーニャ・スカデンスParamignya scandens
│││　└パラミーニャ・ロバータParamignya lobata
││└┬グミミカン Triphasia trifolia
└┤　└┬モナンソシトルス・コルヌタ Monanthocitrus cornuta
　│　　└ウェンゼリア・ドリコフィラ Wenzelia dolichophylla
　│┌┬アエグロプシス・チウァリエリ Aeglopsis chevalieri
　││└┬ベンガルカラタチ属 Aegle marmelos
　└┤　└バルサモシトラス・ダウェイ Balsamocitrus dawei
　　│　┌┬スウィングレア・グルティノーサ Swinglea glutinosa
　　│┌┤└┬プレイオスペルミウム・ラティアラタム Pleiospermium latialatum
　　│││　└ブルキランサス・マラケンシス Burkillanthus melaccensis
　　└┤└┬ナリンギ・クレヌラータ Naringi crenulata
　　　│　└シトロプシス・ダウェアナ Citropsis daweana
　　　│┌┬ヤキナラン Atalantia ceylanica
　　　││└┬アタランティア・ブクスフォリア Atalantia buxifolia
　　　└┤　└┬マナーオ・ピー Atalantia monophtlla
　　　　│　　└アタランティア・シトロイデス Atalantia citroides
　　　　└広義のミカン属 Citrus s.l.
　　　　　│　┌カラタチ Poncirus trifoliata
　　　　　│┌┤┌マンダリンオレンジ Citrus reticulata
　　　　　└┤└┴ザボン Citrus maxima
　　　　　　│　┌ナガハキンカン Citrus polyandra
　　　　　　│┌┴シトロン Citrus medica
　　　　　　└┴┬シトルス・ニューカレドニカ Oxanthera neocaledonica
　　　　　　　　└┬エレモシトラス・グラウカ Eremocitrus glauca
　　　　　　　　　└┬フィンガーライム Microcitrus australasica
　　　　　　　　　　└┬シトルス・グラシリス Citrus gracilis
　　　　　　　　　　　└フィンガーライム Microcitrus papuana