裸子植物(Gymnosperm)は、絶滅した種が多く確認されており、20世紀には化石種との比較に基づく分類体系ができていました。Meyen(1984)によれば、3綱17目が識別されています。
【分子生物学的手法を取り入れた裸子植物の分類】【被子植物】【シダ類】【陸上植物】【真核生物】
【形態に基づく裸子植物の分類(Meyen,1984)】
†は化石で知られる絶滅した目です。目としては現生でも、絶滅した科は省略しています。
Division Pinophyta (= Gymnospermae) 裸子植物門
Class Ginkgoopsida イチョウ綱
Order 1 Calamopiyales カラモピタル目(†)
Order 2 Callistophytales カリストフィトン目(†)
Order 3 Peltaspermales ペルタスペルメール目(†)
Order 4 Ginkgoales イチョウ目
Ginkgoceae イチョウ科
Order 5 Leptostrobales レプトストロブス目(†)
Order 6 Caytoniales カイトニア目(†)
Order 7 Arberiales アルベリア目(†)
Order 8 Pentoxylales ペントキシロン目(†)
Order 9 Ephedrales マオウ目
Ephedraceae マオウ科
Class Cycadopsoda ソテツ綱
Order 1 Lagenostomales (= Lyginopteridales) (†) リギノプテリス目
Order 2 Trigonocarpales (= Medullosales) メドゥロサ目(†)
Order 3 Cycadales ソテツ目
Cycadaeae ソテツ科
Order 4 Bennettitales (= Cycadeoideales) ベネチテス目(†)
Order 5 Gnetales グネツム目
Gnetaceae グネツム科
Order 6 Welwitschiales ウェルフィッチア目
Welwitschiaceae ウェルフィッチア科
Class Pinopsida (= Cordaitanthales) 球果植物綱
Order 1 Cordaitanthales コルダイテス目(†)
Order 2 Pinales マツ目
Araucariaceae ナンヨウスギ科
Pinaceae マツ科
Taxodiaceae スギ科
Cupressaceae ヒノキ科
Podocarpaceae マキ科
Taxaceae イチイ科
Cephalotaxaceae イヌガヤ科
【被子植物の目と科】 【化石種を含む裸子植物の目】 【シダ類の目】 【陸上植物】
その後、植物分類に分子生物学的手法が導入され、現世種については下記のように4綱7目12科83属約1000種に再編成されています(Christenhusz and Byng,2016)。グネツム目はグネツム綱としてソテツ綱から独立し、最大のグループである球果類も大きく再編成されています。旧スギ科はヒノキ科に、旧イヌガヤ科はイチイ科に編入されました。
※属数と種数は、現世種に対するChristenhusz and Byng(2016)による数です。
Class Cycadopsoda ソテツ綱
Cycadales ソテツ目
Cycadaceae ソテツ科 1属107種 
Zamiaceae ザミア科 9属230種 
Class Ginkgoopsida イチョウ綱
Ginkgoales イチョウ目
Ginkgoceae イチョウ科 1属1種 
Class Gnetopsoda グネツム綱
Gnetales グネツム目
Welwitsiaceae ウェルフィッチア科 1属1種
Gnetaceae グネツム科 1属43種
Ephedrales マオウ目
Ephedraceae マオウ科 1属68種
Class Pinopsida マツ綱(球果綱)
Pinales マツ目
Pinaceae マツ科 11属228種 
Araucariales ナンヨウスギ目
Araucariaceae ナンヨウスギ科 3属37種 
Podocarpaceae マキ科 19属187種 
Cuperssales ヒノキ目
Sciadopityaceae コウヤマキ科 1属1種 
Cupressaceae ヒノキ科 29属149種 (旧スギ科を含む) 
Taxaceae イチイ科 6属27種 (旧イヌガヤ科を含む) 
【文献】
Meyen SW (1984) Basic Features of Gymnosperm Systematics and Phylogeny<
as Evidenced by the Fossil Record, Bot Rev 50(1), 1-111, URL: https://link.springer.com/article/10.1007/BF02874305, Accessed: 2023-10-14.
Christenhusz MJM and Byng JW (2016) The number of known plants species in the world and its annual increase, Phytotaxa. 261(3), 201–217. DOI: 10.11646/phytotaxa.261.3.1, Accessed: 2023-10-05.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-11.