┌オピストスポリディア(Opisthosporidia)
┤┌コウマクノウキン門(Blastocladiomycota)　　　　 ┐
└┼ネオカリマスティックス門(Neocallimastigomycota)├旧ツボカビ類
　├ツボカビ門(Chytridiomycota)　　　　　　　　　　┘
　│┌トリモチカビ門(Zoopagomycota)　　　　　　　　┐
　└┤┌┬グロムス門(Glomeromycota)　　　　　　　　├旧接合藻類
　　└┤└ケカビ門(Mucoromycota)　　　　　　　　　 ┘
　　　└ディカリア亜界(Dikarya)
　　　　│┌──エントリザ菌亜門(Entorrhizomycotina)
　　　　└┼担子菌門(Basidiomycota)
　　　　　│└┬無子実体菌亜門(Wallemiomycotina)
　　　　　│　│┌黒穂菌亜門(Ustilagimomycotina)
　　　　　│　│││　┌┬モニリエナ綱(Moniliellomycetes)
　　　　　│　└┤│┌┤└マラセジア綱(Malasseziomycetes)
　　　　　│　　│└┤└黒穂菌綱(Ustilagimomycetes)
　　　　　│　　│　└エクソバシデイウム綱(Exobasidiomycetes)
　　　　　│　　│┌銹菌亜門(Pucciniomycotina)
　　　　　│　　│││┌トリチラチウム綱(Tritirachiomycetes)
　　　　　│　　││└┤　┌スピクログレア綱(Spiculogloeomycetes)
　　　　　│　　└┤　│┌┴アガリコスティルブム綱(Agaricostilbomycetes)
　　　　　│　　　│　└┤　┌┬クラシクラ綱(Classiculomycetes)
　　　　　│　　　│　　│┌┤└アトラクティエラ菌綱(Atractiellomycetes)
　　　　　│　　　│　　└┤└銹菌綱(Pucciniomycetes)
　　　　　│　　　│　　　│┌┬ミクシア菌綱(Mixiomtcetres)
　　　　　│　　　│　　　└┤└ミクロボトリウム菌綱(Microbotryomycetes)
　　　　　│　　　│　　　　└嚢胞担子菌綱(Cystobasidiomycetes)
　　　　　│　　　└担子菌亜門(Agaricomycotina)
　　　　　│　　　　└┬シロキクラゲ綱(Tremellomycetes)
　　　　　│　　　　　│　└┬シストフィロバシディウム目(Cystofilobasodiales)
　　　　　│　　　　　│　　└┬フィロバシディウム目(Filobasidiales)
　　　　　│　　　　　│　　　└┬ホルターマニア目(Holtermanniales)
　　　　　│　　　　　│　　　　└┬トリコスポロン目(Trichosporonales)
　　　　　│　　　　　│　　　　　└シロキクラゲ目(Tremellales)
　　　　　│　　　　　└┬アカキクラゲ綱(Dacrymycetes)
　　　　　│　　　　　　│└┬アカキクラゲ目(Dacrymycetales)
　　　　　│　　　　　　│　└ユニラクリマ目(Unilacrymales)
　　　　　│　　　　　　└真正担子菌綱(Agaricomycetes)
　　　　　│　　　　　　　│　┌アンズタケ目(Cantharellales)
　　　　　│　　　　　　　│┌┴ロウタケ目(Sebacinales)
　　　　　│　　　　　　　││　　┌トレキスポラ目 (Trechisporales)
　　　　　│　　　　　　　└┤　┌┴キクラゲ亜綱(Auriculariomycetidae)
　　　　　│　　　　　　　　│　│　└キクラゲ目(Auriculariales)
　　　　　│　　　　　　　　│┌┴スッポンタケ亜綱(Phallomycetidae)
　　　　　│　　　　　　　　││　│┌ヒメツチグリ目(Gestrales)
　　　　　│　　　　　　　　││　└┤┌ラッパタケ目(Comphales)
　　　　　│　　　　　　　　└┤　　└┤┌スッポンタケ目(Phallales)
　　　　　│　　　　　　　　　│　　　└┤　┌ラッパタケ目2(Comphales-2)
　　　　　│　　　　　　　　　│　　　　└┬┴ステレオプシス目(Stereopsidales)
　　　　　│　　　　　　　　　│　　　　　└ヒステランギウム目(Hysterangiales)
　　　　　│　　　　　　　　　└┬─タバコウロコタケ目(Hymenochaetales)
　　　　　│　　　　　　　　　　└ハラタケ亜綱(Agaricomycetidae)
　　　　　│　　　　　　　　　　　│　　┌イボタケ目(Thelephorales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　│　┌┴サルノコシカケ目(Polyporales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　│┌┴┬コウヤクタケ目(Corticiales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　││　└┬ジャアピア目(Jaapiales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　└┤　　└キカイガラタケ目(Gloeophyllales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　　│┌ベニタケ目(Russulales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　　└┤　　┌アテリア目(Atheliales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　　　│┌┬┴レピドストロマ目(Lepidostromatales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　　　└┤└イグチ目(Boletales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　└┬アミロコルティシウム目(Amylocortciales)
　　　　　│　　　　　　　　　　　　　　　└ハラタケ目(Agaricales)
　　　　　└子嚢菌門(Ascomycota)
　　　　　　└┬タフリナ菌亜門(Taphronomycotina)
　　　　　　　└┬サッカロミケス亜門(Saccharomycoyina)：酵母
　　　　　　　　└チャワンタケ亜門(Pezizomycotina)：麹黴、麦角菌