かつての反芻亜目は、上位タクソンで鯨偶蹄目が認められたことにより、偶蹄亜目反芻下目とされることが多くなっています。このグルーブでは胃が4つに分化していて、反芻(噛み戻し)を行うことが共通の特徴ですが、最も初期に分化したマメジカ科では、主として消化物の水分調整を行っている第三胃(Omasum)を欠いています。それ以外の種では4つの胃を持っていることが共通しています。
Gatesy(2013)によれば、反芻類がクジラとカバから構成されるクレードから分岐したのは、5,910万年前(新第三紀中新世末期)、マメジカ科が他の反芻類と分岐したのは、4,630万年前(新第三紀鮮新世前期)と推定されています。
【現生生物の系統概要】【植物界の系統概要】【後世動物の系統概要】【化石種】
鯨偶蹄目(Cetartiodactyla) シカ科(Cervidae) ウシ科(Bovidae)
【現生反芻下目(Ruminantia)の系統概要】Fernández and Vrba(2005)
┌マメジカ科(Tragulidae)
┤┌┬プロングホーン科(Antilocapridae)
││└キリン科(Giraffidae)
└┤ ┌ジャコウジカ科(Moschidae)
│┌┴シカ科(Cervidae)
││ │┌キバノロ亜科(Hydropotinae)
││ └┤┌シカ亜科(Cervinae)
└┤ └┴オジロジカ亜科(Capreolinae)
└ウシ科(Bovidae)
│┌ウシ亜科(Bovinae)
└┤┌ブラックバック亜科(Antilopinae)
└┤┌ダイカー亜科(Cephalophinae)
├┴┬リーボック亜科(Peleinae)
│ └リードバック亜科(Reduncinae)
│┌インパラ亜科(Aepycerotinae)
└┤┌┬ハーテビースト亜科(Alcelaphinae)
└┤└ブルーバック亜科(Hippotraginae)
└┬チルー亜科(Pantholopinae)
└ヤギ亜科(Caprinae)
┤┌┬プロングホーン科(Antilocapridae)
││└キリン科(Giraffidae)
└┤ ┌ジャコウジカ科(Moschidae)
│┌┴シカ科(Cervidae)
││ │┌キバノロ亜科(Hydropotinae)
││ └┤┌シカ亜科(Cervinae)
└┤ └┴オジロジカ亜科(Capreolinae)
└ウシ科(Bovidae)
│┌ウシ亜科(Bovinae)
└┤┌ブラックバック亜科(Antilopinae)
└┤┌ダイカー亜科(Cephalophinae)
├┴┬リーボック亜科(Peleinae)
│ └リードバック亜科(Reduncinae)
│┌インパラ亜科(Aepycerotinae)
└┤┌┬ハーテビースト亜科(Alcelaphinae)
└┤└ブルーバック亜科(Hippotraginae)
└┬チルー亜科(Pantholopinae)
└ヤギ亜科(Caprinae)
【文献】
Fernández MH and Vrba ES (2005) A complete estimate of the phylogenetic relationships in Ruminantia: a dated species-level supertree of the extant ruminants, Biol Rev, 80, 269–302, DOI: 10.1017/S1464793104006670, Accessed: 2026-01-30.
Bibi F (2013) A multi-calibrated mitochondrial phylogeny of extant Bovidae (Artiodactyla, Ruminantia) and the importance of the fossil record to systematics, BMC Evol Biol, 13:166, URL: http://www.biomedcentral.com/1471-2148/13/166, Accessed: 2026-01-06.
Gatesy J (2013) Whales and even-toed ungulates (Catariodactyla), 511-515, in The Timetree of Life, Hadges SB and Kumar S Eds, Oxfors Unic Press, URL: https://timetree.org/public/data/pdf/Gatesy2009Chap81.pdf, Accessed: 2026-01-31.