【自鰓亜綱(Autobranchia)周辺の系統の概要】Li et al.(2025)
　和訳部分での分類階級のレベルは参考程度です。ホタテガイが属するイタヤガイ目はふたつに分割されることになりそうです。
┌外群(Outgroup)
││┌頭足綱(Cephalopoda)
│└┤└ダイオウイカ Architeuthis dux　
┤　└腹足綱(Gastropoda)
│　　│　┌ナスビカサガイ Lottia gigantea
│　　│┌┴┬ウロコフネタマガイ Chrysomallonsquamilerum
│　　└┤　└エゾアワビ Haliotis discus hanni　
│　　　│┌スクミリンゴガイ Pomacea canalicurata
│　　　└┤┌┬ジャンボアメフラシ Aplysia californica
│　　　　└┤└エリシア・クロロティカ Elysia chlorotica
│　　　　　└┬モノアラガイ Radix auricularia　
│　　　　　　└ビオファラリア・グラブラータ Biomphalaria glabrata
│┌原鰓亜綱(Protobranchia)
│││┌クルミガイ目(Nuculida)
││└┤└┬コグルミガイ Eunucula tenuis
││　│　└ユーヌクラ・クミンギイ Eunucula cumingii
└┤　└ヌクラニダ目(Nuculanida)
　│　　│┌エゾソデガイ Yoldia hyperborea
　│　　└┤┌┬アラボリロウバイ Nuculana yokoyamai
　│　　　└┤└メガヨルデア・リシュケイ Magayoldia lischkei
　│　　　　└┬ヨメディラ属の一種 Yoldiella sp.
　│　　　　　└┬エクイヨルデイア・エイツィイ Aequiyoldia eightsii
　│　　　　　　└┬カタデスミィア・クネアータ Katadesmia cuneata
　│　　　　　　　└ヌクラータ・イネクゥイスカルプタ Nuculana inaequisculpta
　└自鰓亜綱(Autobranchia)
　　│┌翼形類(Pteriomorphia)
　　│││　┌イタヤガイ目(Pectinida)
　　│││　││┌ネズミノテ属の一種 Plicatula sp.
　　│││┌┤└┴┬マドガイ Placuna placenta
　　│││││　　└ナミマガシワガイ Anomia chinensis
　　│││││┌ミノガイ目(Limida)
　　└┤││└┤└┬リマ属の一種1Lima sp. 1
　　　│││　│　└リマ属の一種2Lima sp. 2
　　　│└┤　└イタヤガイ目(Pectinida)
　　　│　│　　└┬ミヒカリメンガイ Spondylus nicobaricus
　　　│　│　　　└┬カティロペクテン・マルガリタス Catillopecten margariatus
　　　│　│　　　　└┬ヨーロッパホタテガイ Pecten maximus
　　　│　│　　　　　└┬アカザラガイ Chlamys farreri
　　　│　│　　　　　　└ホタテガイ Mizuhopenten yessosnsis
　　　│　│┌カキ目(Ostreida)
　　　│　│││　┌アトリナ・エクスタ Atrina exusta
　　　│　│││┌┴アトリナ属の一種 Atrina sp.
　　　│　││└┤┌┬シュモクガイ Malleus albus
　　　│　││　││└┬マベガイ Peteria penguin　
　　　│　└┤　└┤　└┬イソニョーモン・インブレカータ Isognomon imbricata
　　　│　　│　　│　　└┬モスソアコヤ Pinctada albina
　　　│　　│　　│　　　└ミドリアオリ Pinctada maculata
　　　│　　│　　└┬シャコガキ Hyotisa hyotis
　　　│　　│　　　└┬シドニーロックオイスター Saccostrea glomerata
　　　│　　│　　　　└┬アメリカガキ Crassostrea vrginica
　　　│　　│　　　　　└┬マガキ Crassostrea gigas　
　　　│　　│　　　　　　└┬スミノエガキ Crassostrea ariakensis
　　　│　　│　　　　　　　└ホンコンカキ Magallana hongkongensis
　　　│　　│┌フネガイ目(Arcida)
　　　│　　│││┌ミミエガイ Striarca symmetrica
　　　│　　││└┤　┌アーサー・プリカータ Acer plicata
　　　│　　└┤　│┌┴┬ヌノメアカガイ Cucullaea labiata
　　　│　　　│　└┤　└タマキガイ Clycymeris aspersa
　　　│　　　│　　│┌アカガイ Anadara broughtoni
　　　│　　　│　　└┴┬フモンカイガイ Barbatia decussata
　　　│　　　│　　　　└バルバティア・トラペチーナ Barbatia trapezina
　　　│　　　└イガイ目(Mytilida)
　　　│　　　　│　┌ホトトギスガイ属の一種 Arcuatula sp.
　　　│　　　　│┌┴┬ミドリイガイ Perna vrridis
　　　│　　　　└┤　└ミドリイガイ Perna vrridis
　　　│　　　　　│┌イガイ Mytilus unguiculatus
　　　│　　　　　└┴┬チチュウカイスキゲヒバリ Brachidontes variabilis
　　　│　　　　　　　└┬クジャクガイ属の一種 Septifer sp.
　　　│　　　　　　　　└┬シギノハシ Lithophaga zitteliana
　　　│　　　　　　　　　└┬イシマテ Lithophaga curta
　　　│　　　　　　　　　　└┬ヘイトウシンカイヒバリガイ Gigantidas platifrons
　　　│　　　　　　　　　　　└ホソスジヒバリガイ Modiolus philippinarum
　　　└異殻亜綱(Heteroconchia)
　　　　│　┌古異歯類(Palaeoheterodonta)
　　　　│┌┤└Potamilus streckersoni
　　　　││└原始異歯類(Archiheterodonta)　───────────────────────┐
　　　　└┤　└┬Cardita veriegata　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 │
　　　　　│　　└Astarte sulicata　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　└真異歯類(Euheterodonta)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 異歯亜綱　　┤
　　　　　　│┌異靱帯類(Anomalodesmata)　　　　　　　　　　　　　　　　　　 (Heterodonta)│
　　　　　　│││┌カスピダリア・ウンダータ Cuspidaria undata　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　└┤└┴┬ブリオパ・ラタ Bryopa lata　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　│　　└┬ソトオリガイ属の一種 Laternula sp. 1　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　│　　　└ソトオリガイ属の一種 Laternula sp. 2　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　└不完全歯上目(Imparidentia)　　　　　　　　　　　　　　　　 　　　　　　　 │
　　　　　　　　│┌ルガルシナ・ベトナミカ Rugalucina vietnamica ┬ツキガイ目　　　　　　 │
　　　　　　　　└┤┌ハナシガイThyasira tokunagai　　　　　　　 ┘(Lucinida)　　　　　　 │
　　　　　　　　　└┤┌ツクエガイ目(Gastrochaenida)　　　　　　　　　　　　　　　 　　　 │
　　　　　　　　　　││└ツクエガイ科(未定) Gastrochaenidae indet.　　　　　　　　　 　　│
　　　　　　　　　　└┤　　┌キヌマトイガイ属の一種 Hiatella sp.　　　　　　　　　　 　　│
　　　　　　　　　　　│　┌┴┬ラサイア属の一種 Lasaea sp.┐　　　　　　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　│　│　└アルテナム・チャルコティ　 ├ウロコガイ目　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　│　│　　 Altenaeum charcoti　　　　┘(Galeommatida)　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　│　│　　┌タカノハガイ属の一種 Cultellus sp.　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　│┌┤　┌┴アゲマキガイ Sinonovacula constricta┐　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　│││┌┤┌マテガイ Solen stricus　　　　　　　├マテガイ目　　　　│
　　　　　　　　　　　││└┤└┴┬マテガイ属の一種 Solen sp, 1　　　│(Adapedonta)　　　│
　　　　　　　　　　　││　│　　└マテガイ属の一種 Solen sp. 2　　　┘　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　└┤　└ザルガイ目(Cardiida)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　│　　│　┌シズクガイ Theora lubrica　　　　　　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　│　　│┌┴┬アサジガイ科(不定) Semelidae indet.　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　│　　└┤　└<アサジガイ属の一種 Semele sp.　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　│　　　│┌┬マスオガイ Gari elongata　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　│　　　└┤└ミナトマスオ Gari inflata　　　　　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　│　　　　│┌リュウキュウシラトリ Quidnipagus palatam　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　│　　　　└┴┬モモノハナ属の一種 Moerella sp.　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　│　　　　　　└┬ケショウシラトリ Macoma calcarea　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　│　　　　　　　└チヂミアサジガイ Semele crenulata　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　└┬オオノガイ目(Myida)　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　││┌┬イシゴロモ属の一種 Aspidopholas sp.　　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　│└┤└イシゴロモ Aspidopholas yoshimurai　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　│　└┬ヒラタヌマコダキガイ Potamocorbula laevis　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　│　　└オオノガイ Mya arenaria　　　　　　　　　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　└マルスダレガイ目(Venerida)　　　　　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　│┌┬リュウキュウヒルギシジミ Geloina expansa　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　└┤└グラウロノーム・ストラミネア Glauconome straminea　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　│┌┬ウネナシトマヤガイ Neotrapezium liratum　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　└┤└タガソデモドキ Neotrapezium sublaevigatum　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　　│┌ケイトウガイ Chama dunkeri　　　　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　││　　┌バカガイMactra chinensis　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　└┤　┌┴┬イソハマグリ Atactodea striata　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　│┌┤　└イソハマグリ Atactodea striata　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　│││┌タイヘイヨウマルシオガマ Zemysina orbella　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　　　└┤└┴┬シレノイダ科(不定) Cyrenoididae indet. 1　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　│　　└シレノイダ科(不定) Cyrenoididae indet. 2　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　│┌アーカイベシカ・マリシニカ Archivesica marissinica│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　└┤　┌シナハマグリ Meretrix petechialis　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│┌┴┬オキシジミ Cyclina sinensis　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　└┤　└オキシジミ Cyclina sinensis　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　│┌カガミガイ Dosinia japonica　　　　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　└┤┌リュウキュウアサリ Tapes literatus　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　└┴┬アサリ Ruditapes philippinarum　　　　　│
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　└アサリ Ruditapes philippinarum　　　　　　┘

【異歯亜綱(Heterodonta)不完全歯上目(Imparidentia)の系統の概要】Plazzi et al.(2023)
　　　　　┌マルスダレガイ目(Venerida)
　　　　┌┤│　　　　　　　　　　┌┬サツマアカガイ Paphia amabilis
　　　　│││　　　　　　　　　┌┤└スダレガイ Paphia euglypta
　　　　│││　　　　　　　　┌┤└┬パラタペス・テクスタリス Paratapes textilis
　　　　│││　　　　　　　┌┤│　└イヨスダレ Paratapes undulatus
　　　　│││　　　　　　　││└ヒメリュウキュウアサリ Tapes belcheri
　　　　│││　　　　　　┌┤└┬タペス・コンスペルサス Tapes conspersus
　　　　│││　　　　　┌┤│　└ヤエヤマスダレ Marcia hiantina
　　　　│││　　　　　││└ヨーロッパアサリ Ruditapes decussatus
　　　　│││　　　　　││　┌┬コタマガイ Macridiscus aequilatera
　　　　│││　　　　　││┌┤└オキアサリ Macridiscus multifarius
　　　　│││　　　　┌┤└┤└クリプトネマ・プロダクタ Cryptonema producta
　　　　│││　　　　││　└アサリ Ruditapes philippinarum
　　　　│││　　　　││　　┌┬カガミガイ Dosinia japonica　
　　　　│││　　　　││　┌┤└マルヒナガイ Dosinia troscheli
　　　　│││　　　　││┌┤└ドンセンキコウ(钝缀锦蛤) Dosinia altior
　　　　│││　　　　│││└┬ハナガイ Placamen foliaceum
　　　　│││　　　　│└┤　└プラカメン・イサベリナ Placamen isabellina
　　　　│││　　　　│　│　┌┬シオヤガイ Anomalodiscus squamosus
　　　　│││　　　　│　│┌┤└オオハナガイ Anomalodiscus lamellaris
　　　　│││　　　　│　└┤└ヌノメガイ Periglypta puerpera
　　　　│││　　　　│　　└┬オニアサリ Leukoma jedoensis
　　　　│││　　　┌┤　　　└ホンビノスガイ Mercenaria marcenaria
　　　　│││　　　││　　　　　┌┬タイワンハマグリ Meretrix mercetrix
　　　　│││　　　││　　　　┌┤└シナハマグリ Mercetrix petechialis
　　　　│││　　　││　　　┌┤└ハマグリ Meretrix lusoria　
　　　　│││　　┌┤│　　┌┤└チョウセンハマグリ Meretrix lamarckii
　　　　│││　　│││　┌┤└ミスハマグリ Meretrix lyrata
　　　　│││　　│││┌┤└┬ウチムラサキ Saxidomus purpurata　
　　　　│││　┌┤│└┤│　└カリスタ・エンリシナ Callista enricina
　　　　│││　│││　│└オキシジミ Cyclina sinensis
　　　　│││　│││　└┬シラオイガイ Circe scripta
　　　　│││　│││　　└ホソスジイナミ Gafrarium pectinatum
　　　　│││┌┤││　┌┬ヒロバナギナタシロウリガイ Calyptogena extenta
　　　　│││││││┌┤└カリプトジェナ・マリシニカ Calyptogena marissinica
　　　　││││││└┤└┬ターネロコンカ・マグニフィカ Turneroconcha magnifica
　　　　││└┤││　│　└ピロカネディア・フルミナ Pliocardia fluminea
　　　　││　│││　└ナギナタシロウリガイ Abyssogena phaseoliformis　
　　　　││　│││┌┬タイワンシジミ Corbincula fluminea
　　　　││　││└┤└ターネロコンカ・マグニフィカ Turneroconcha magnifica
　　　　││　││　└アイスランドガイ Arctica islandica
　　　　││　││　┌┬アリソガイ Mactra antiquata
　　　　││　││┌┤└バカガイ Mactra chinensis　
　　　　││　│└┤└ウバガイ Pseudocardium sachalinense
　　　　││　│　└┬オオトリガイ Lutraria maxima
　　　　││　│　　└カモジガイ Lutraria rhynchaena
　　　　││　│┌┬ネツケザル Chama limbula
　　　　││　└┤└ケイトウガイ Chama dunkeri
　　　　││　　└キクザル Chama asperella
　　　　│└オオノガイ目(Myida)
　　　┌┤　└┬オオノガイ Mya arenaria
　　┌┤│　　└オニニオガイ Barnea manilensis
　┌┤│└─マテガイ目(Adapedonta)
　│││　　│　　┌┬オオマテガイ Solen grandis
　│││　　│　┌┤└マテガイ Solen strichus
　│││　　│┌┤└アゲマキガイ Sinonovacula constricta
　│││　　└┤└ヒアテッラ・アークティカ Hiatella arctica
　│││　　　│┌┬ナミガイ Panopea abrupta
　│││　　　└┤└アメリカナミガイ Panopea generosa
　│││　　　　└メキシコナミガイ Panopea globosa
┌┤│└──ザルガイ目(Cardiida)
│││　　　│　　　　　　　┌┬センシコウ(尖紫蛤) Hiatula acuta
│││　　　│　　　　　　┌┤└ムラサキガイ Hiatula diphos
│││　　　│　　　　　┌┤└┬タイワンキヌタ Hiatula chinensis
│││　　　│　　　　┌┤│　└イタボシガイ Sanguinolaria ovalis
│││　　　│　　　　││└マスオガイ Gari elongata
│││　　　│　　　┌┤└キヌタアゲマキ Solecurtus divaricatus
│││　　　│　　　││　┌┬サギガイモドキ Scrobicularia plana
┤││　　　│　　┌┤│┌┤└アサジガイ科の新属新種(Semelidae gen. et sp.)
│││　　　│　　││└┤└バルチックシラトリ Macoma balthica
│││　　　│　┌┤│　└テリザクラ Iridona iridescens
│││　　　│　││└セメレ・スカブラ Semele scabra
│││　　　│┌┤│　┌┬コガタフランスナミノコ Donax semistriatus
│││　　　││││┌┤└ニヨリフランスナミノコ Donax vittatus
│││　　　│││└┤└フランスナミノコ Donax trunculus
│││　　　└┤│　└ドナックス・ヴァリエントゥス Donax variegatus
│││　　　　│└ワスレイソシジミ Nuttallia obscurata
│││　　　　│　　　　┌┬ヒメジャコ Tridacna crocea
│││　　　　│　　　┌┤└ヒレシャコガイ Tridacna aquamosa　
│││　　　　│　　┌┤└トガリシラナミ Tridacna noae
│││　　　　│　┌┤└ヒレナシシャコガイ Tridacna derasa
│││　　　　│┌┤└オオシャコガイ Tridacna gigas　
│││　　　　└┤└シャゴウガイ Hippopus hippopus
│││　　　　　│┌┬イボザル Acanthocardia tuberculata
│││　　　　　└┤└ヨーロッパザルガイ Cerastoderma edule
│││　　　　　　└トリガイ Fulvia mutica
││└────オウナガイ Conhocele cf. bicecta　　　　　　　　┐
│└───┬─クテナ・ダイバージェンス Ctena divergens　　　　├ツキガイ目
│　　　　└┬セイヨウツキガイ Lucinella divearilata　　　　　│(Lucinida)
│　　　　　└ロリペス・オービキュリトゥス Loripes orbiculatus┘
└外群(Outgroup)/span>
　└┬ヒロクチソトオリガイ Laternula elliptica：真異歯類ソトオリガイ科(Laternulidae)
　　└ミドリイガイ Perna viridis：翼形類イガイ科(Mytilidae)