「文献調査」カテゴリーアーカイブ

アンボレラ(属、科、目)

コメントを残す

　アンボレラ(Amborella trichopoda)は、ニューカレドニアのグランテール島(Grande Terre)固有の低木で、1属1種で単独科単独目となっています。最初の記載は19世紀(Bailey and Swamy,1948)ですが、20世紀末になって遺伝子解析により、すべての被子植物に対して姉妹群となることが報告(Graham and Olmstead,2000)されてから、一躍注目を集めています(戸部,2021)。『アンボレラは、過去の証人か？』と題した総説(Poncet et al.,2019)も公表されていて、アンボレラばかり研究対象にしていると他の研究が疎かになるのではないかとの懸念も呈されている様です。
　アンボレラを生きた化石とみなすのは必ずも正しくなく、他の被子植物と袂を分かったのはアンボレラの祖先種であって、種としてのアンボレラは新生代になってから現れたと考えられている様です。アンボレラの花期は6月中旬とのことですが、今年(2024)の小石川植物園では一般公開されていませんでした。
　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

アンボレラ属の系統位置 (Graham and Olmstead,2000)

　　┌マツ属(Pinus)　　　　　　　　　　　 ┐
┌┬┴グネツム属(Gnetum)　　　　　　　　　├裸子植物
┤└イチョウ属(Ginkgo)　　　　　　　　　　┘Gymnosperm
│┌アンボレラ属(Amborella)
└┤　┌ハゴロモモ属(Cabomba)
　│┌┴スイレン属(Nymphaea)
　└┤┌シキミ属(Illicium)
　　││　　　┌ショウブ属(Acorus)　　　　┐
　　└┤　　┌┤┌ヤマノイモ属(Dioscorea) ├単子葉類
　　　│　　│└┴┬イネ属(Oryza)　　　　 │Monocots
　　　│　┌┤　　└トウモロコシ属 (Zea)　┘
　　　│┌┤└マツモ属(Ceratophyllum)
　　　│││┌ヤマグルマ属(Trochodendron)　　┐
　　　││└┤┌カツラ属(Cercidiphyllum)　　 ├真正双子葉類
　　　└┤　└┴タバコ属(Nicotiana)　　　　　┘Eudicots
　　　　│　┌クロバナロウバイ属(Calycanthus)┐
　　　　│┌┴ユリノキ属(Liriodendron)　　　 │
　　　　└┤┌ドリミス属(Drimys)　　　　　　 ├モクレン目群
　　　　　└┴┬カンアオイ属(Asarum)　　　　 │Magnilids
　　　　　　　└┬ラクトリス属(Lactoris)　　 │
　　　　　　　　└ハンゲショウ属(Saururus)　 ┘

【アンボレラ目(Amborellales) アンボレラ科(Amborellaceae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
アンボレラ属 Amborella
アンボレラ No Image
 Amborella trichopoda (Amborella)

Amborella Genome Project(0213) The Amborella Genome and the Evolution of Flowering Plants, Science 342, 1241089, DOI: 10.1126/science.1241089, Acessed: 2024-06-14.
Bailey IW and Swamy BGL (1948) Amborella trichopoda Baill., a New Morphological Type of Vesselless Dicotyledon, J Arnold Arboretum, 29(3), 255–256, URL: https://www.biodiversitylibrary.org/page/8441602, Acessed: 2024-06-14.
Graham SW and Olmstead RG (1999) A phylogeny of basal angiosperms infered form 17 chloroplast genes, Paper presented at the sixteen International Botanical Congress, St. Louis, Missouri, U. S., August 1-7, Abst.68.
Graham SW and Olmstead RG (2000) Utility of 17 chloroplast genes for inferring the phylogeny of the basal angiosperms, Am J Bot, 87(11), 1712-1730, DOI: 10.2307/2656749, Acessed: 2024-06-11.
Poncet V, Birnbaum P, Burtet-Sarramegna V, Kochko Ad, Fogliani B, Gâteblé G, Isnard S, Jaffré T, Job D, Munoz F, Munzinger J, Scutt CP, Tournebize R, Trueba S and Pillon Y (2019) Amborella – Bearing Witness to Past ?,
Ann Plant Rev, 2, 1–41, DOI:10.1002/9781119312994.apr0689, Acessed: 2024-06-14.
Soltis DE and AND Soltis PS (2004) Amborella Not a “Basal Angiosperm”? Not so Fast, Am J Bot, 91(6), 997-1001, DOI: 10.3732/ajb.91.6.997, Acessed: 2024-06-11.
戸部博(2021)アンボレラの雌雄性と進化、植物地理・分類研究、60(1), 39-50, DOI: 10.18942/chiribunrui.0691-09, Acessed: 2024-06-11.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-07.

刺胞動物と有櫛動物(旧腔腸動物)の写真整理

コメントを残す

　クラゲ、サンゴ、イソギンチャクなどを含む生物はかつて腔腸動物門(Coelenterata)とて記載されてきましたが、単系ではないことが明らかとなっため、現在では有櫛(ゆうしつ)動物門(Ctenophora)と刺胞動物門(Cnidaria)とに分割されています。有櫛動物は、固着生活するポリプ型の生活様式を示す時期がなく、また刺胞を持っていない生物群です。
　有櫛動物門の花クラゲ目、フウセンクラゲ目、刺胞動物門の旗口クラゲ目等は多系であることが報告されており、系統の整理は未だ途上と思われます。

　【動物界(Animalia)の系統概要】【真核生物(Eukaryota)の系統概要】

【上位分類群ホロゾア(Holozoa)の系統概要】

┌─イクチオスポレア目(Ichthyospoea)
┼─襟鞭毛虫綱(Choanoflagellata) 57属
├刺胞動物門(Cnidaria) クラゲ、サンゴ、イソギンチャクなど
├有櫛動物門(Ctenophora) ウリクラゲ、フウセンクラゲなど
└後生動物(Metazoa) ≒ 旧動物界(Animalia)
　├海綿動物門(Porifera) 普通海綿、石灰海綿など 742属
　└真正後生動物(Eumetazoa) 節足動物、軟体動物、脊椎動物など
【有櫛動物門(Ctenophora)の系統概要】Borowiec et al.(2015)

　　　┌ウリクラゲ目(Beroida)
　　┌┴フウセンクラゲ目フウセンクラゲモドキ科(Cydippida, Haeckeliidae)
　┌┤┌オビクラゲ目(Cestida)
┌┤├┼カメンクラゲ目(Thalassocarycida)
┤││└カブトクラゲ目(Lobata)
││└フウセンクラゲ目テマリクラゲ科(Cydippida, Pleurobrachiidea)
│└クシヒラムシ目(Platyctenida)
└フウセンクラゲ目トガリテマリクラゲ科(Cydippida, Mertensiidae)
【刺胞動物門(Cnidaria)の系統概要】Kayal et al.(2013)

┌─六放サンゴ亜綱(Hexacorallia)
┤　│　┌────スナギンチャク目(Zoantharia)
│　│┌┴┬───イソギンチャク目(Actiniaria)
│　└┤　└┬──ツノサンゴ目(Antipatharia)
│　　│　　└┬─ホネナシサンゴ目(Corallimorpharia)
│　　│　　　└─イシサンゴ目(Scleractinia)：ミドリイシなど
│　　└─────ハナギンチャク目(Ceriantharia)
│┌八放サンゴ亜綱(Octocorallia)
│││┌─────ウミトサカ目(Alcyonacea)
││└┼─────共莢目(Helioporacea)
││　└─────ウミエラ目(Pennatulacea)
└┤　┌─────冠クラゲ目(Coronatae)
　│┌┴┬十文字クラゲ綱(Staurozoa)
　└┤　└箱虫綱(Cubozoa)
　　│　　└┬──アンドンクラゲ目(Carybdeida)
　　│　　　└──ネッタイアンドンクラゲ目(Chirodropida)：ハブクラゲなど
　　└┬ヒドロ虫綱(Hydrozoa)
　　　│└┬───淡水クラゲ目(Limnomedusae)
　　　│　└┬───刺糸亜目(Filifera)
　　　│　　└┬─軟クラゲ目(Leptothecata)
　　　│　　　└┬─キャピタータ亜目(Capitata)カミクラゲなど
　　　│　　　　└─アプラニューラ亜目(Aplanulata)
　　　└ディスコメデューサ類(Discomedusae)
　　　　└┬───旗口クラゲ目(Semaeostomeae)：ミズクラゲなど
　　　　　└───根口クラゲ目(Rhizostomeae)：タコクラゲなど
【有櫛動物門(Ctenophora) 無触手綱(Nuda) ウリクラゲ目(Beroida) ウリクラゲ科(Beroidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
ウリクラゲ属(Beroe)
ウリクラゲ ウリクラゲ
 		Beroe Cucumis Cigar Comb Jelly
アミガサクラゲ アミガサクラゲ
 		Beroe forskalii Comb Jelly
【刺胞動物門(Cnidaria) 花虫綱(Anthozoa) 六放サンゴ亜綱(Hexacorallia) イソギンチャク目(Actiniaria) ウメボシイソギンチャク科(Actiniidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
キンカライソギンチャク属(Stylobates)
キンカライソギンチャク属の1種 キンカライソギンチャク属の1種
 		Stylobates sp. Stylobates
【刺胞動物門(Cnidaria) 花虫綱(Anthozoa) 六放サンゴ亜綱(Hexacorallia) イシサンゴ目(Scleractinia) ミドリイシ科(Acroporidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
ミドリイシ属(Acropora)
ミドリイシ属の一種 ミドリイシ属の一種
 		Acropora sp. Staghorn Coral
【刺胞動物門(Cnidaria) 花虫綱(Anthozoa) 八放サンゴ亜綱(Octocorallia) ウミトサカ目(Alcyonacea) ウミトサカ科(Alcyoniidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
サルコファイトン属(Sarcophyton)
ウミキノコの一種 ウミキノコの一種
 		Sarcophyton sp. Toadstool Leathers
【刺胞動物門(Cnidaria) 花虫綱(Anthozoa) 八放サンゴ亜綱(Octocorallia) ウミトサカ目(Alcyonacea) ウミヅタ科(Clavulariidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
ウミヅタ属(Clavularia)
ムラサキハナヅタ ムラサキハナヅタ
 		Clavularia violacea Green Star Polyp
【刺胞動物門(Cnidaria) 花虫綱(Anthozoa) 八放サンゴ亜綱(Octocorallia) ウミトサカ目(Alcyonacea) サンゴ科(Coralliidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
プリューロコラリウム属(Pleurocorallium)
モモイロサンゴ モモイロサンゴ
 		Pleurocorallium elatius Precious Coral
【刺胞動物門(Cnidaria) 花虫綱(Anthozoa) 八放サンゴ亜綱(Octocorallia) ウミトサカ目(Alcyonacea) チヂミトサカ科(Nephtheidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
トゲトサカ属(Dendronephthya)
スエンソントゲトサカ スエンソントゲトサカ
 		Dendronephthya suensoni (Soft Coral)
【刺胞動物門(Cnidaria) ヒドロ虫綱(Hydrozoa) 軟クラゲ目(Leptothecata) ハネガヤ科(Halopterididae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
ヒゲガヤ属(Antennella)
ヒゲガヤの一種 ヒゲガヤの一種
 		Antennella sp. Knotted Thread Hydroid
【刺胞動物門(Cnidaria) ヒドロ虫綱(Hydrozoa) 花クラゲ目(Anthomedusae) タマウミヒドラ科(Corynidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
カミクラゲ属(Spirocodon)
カミクラゲ カミクラゲ
 		Spirocodon saltator Kamikurage
【刺胞動物門(Cnidaria) ヒドロ虫綱(Hydrozoa) クダクラゲ目(Siphonophora) カツオノエボシ科(Physaliidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
カツオノエボシ属(Physalia)
カツオノエボシ カツオノエボシ
 		Physallia physalis Bluebottle
【刺胞動物門(Cnidaria) 鉢虫綱(Scyphozoa) 旗口クラゲ目(Semaeostomeae) ミズクラゲ科(Ulmaridae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
ミズクラゲ属(Aurelia)
ミズクラゲ ミズクラゲ
 		Aurelia aurita Moon jellyfish
【刺胞動物門(Cnidaria) 鉢虫綱(Scyphozoa) 根口クラゲ目(Rhizostomeae) タコクラゲ科(Mastigiidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
タコクラゲ属(Mastigias)
タコクラゲ タコクラゲ
 		Mastigias papua Lagoon Jelly
【文献】
Kayal1 E, Roure B, Philippe H, Collins AG and Lavrov DV (2013) Cnidarian phylogenetic relationships as revealed by mitogenomics, BMC Evol Biol, 13:5, DOI: 10.1186/1471-2148-13-5, Accessed: 2024-08-25.
Cartwright P and Nawrocki AM (2010) Character Evolution in Hydrozoa (phylum Cnidaria), Integrat Comp Biol, 50(3), 456–472, DOI: 10.1093/icb/icq089, Accessed: 2024-08-25.
Borowiec ML, Lee EK, Chiu JC and Plachetzki DC (2015) Extracting phylogenetic signal and accounting for bias in whole-genome data sets supports the Ctenophora as sister to remaining Metazoa, BMC Genomics 16:987, DOI: 10.1186/s12864-015-2146-4, Accessed: 2024-08-25.
Collons AG, Winkelmann S, Hadrys H and Schierwater B (2005) Phylogeny of Capitata and Corynidae (Cnidaria, Hydrozoa) in light of mitochondrial 16S rDNA data, Zoologica Scripta, 34(1),91-99, DOI: 10.1111/j.1463-6409.2005.00172.x, Accessed: 2024-08-25.

不等毛藻の系統概要

コメントを残す

　不等毛藻門(Heterokontophyta)は、遊走子(Zoospore)世代に前鞭毛と後鞭毛の2本の鞭毛を持つストラメノパイル(Stramenopiles or Heterokonts)のうち葉緑素を持つグループです。かつては緑藻、紅藻などと共に藻類として植物の範疇でしたが、現在では植物とは異なる狭義の植物の姉妹群とみなされるSARクレードに分類されています(Adl et al.,2019)。SARは今世紀になって提案されたクレード(Burki et al., 2007)で、その構成クレードであるストラメノパイルは電子顕微鏡を用いて明らかになった腺毛の微細構造や遺伝子情報による解析結果により単系であることが支持されているのですが、単細胞生物から大型藻類まで極めて多様性に富んだグループでもあります。ストラメノパイルを構成する最大のグループである不等毛植物門についても単系クレードであることに異説は無いようですが、綱以下の系統についてはコンセンサスが得られているとは言い難いようで、今後の整理が待たれます。

　【真核生物】【シダ類】【裸子植物】【被子植物】【哺乳類】【鳥類】【魚類】【昆虫類】【節足動物】

【SARクレードの系統概要】Derelle et al.(2016)
　SAR = Stramonepiles – Alveolata – Rhizaria

　┌リザリア(Rhizaria)：星の砂など
┬┴アルベオラータ(Alveolata)ゾウリムシ、夜光虫、マラリア原虫など
└─ストラメノパイル(Stramonepiles)
　　│┌ビギラ(Bygyra)：49属
　　└┤└┬オパロゾア(Opalozoa)
　　　│　└サジェニスタ(Sagenista)：ツボカビなど
　　　└ギリスタ(Gyrista)：77属
　　　　│┌卵菌(Oomycota)=偽菌類(Pseudofungi)：ミズカビなど(旧菌界より)
　　　　└┴オクロ植物門(Ochrophyta) ＝ 不等毛植物門(Heterokontophyta)
　　　　　　│┌クリシスタ(Chrysista)
　　　　　　│││　┌┬黄緑藻綱(Xanthophyceae)
　　　　　　└┤│┌┤└大褐藻綱(Phaeophyceae)
　　　　　　　│└┤└ラフィド藻綱(Raphidophyceae)
　　　　　　　│　└┬シンクロマ藻綱(Synchromophyceae)
　　　　　　　│　　└┬シヌロ藻綱(Synurophyceae)
　　　　　　　│　　　└黄金色藻綱(Chrysophyceae)
　　　　　　　└ディアトミスタ(Diatomista)
　　　　　　　　│┌┬ペラゴ藻綱(Pelagophyceae)
　　　　　　　　└┤└ディクチオカ藻綱(Dictyochophyceae)
　　　　　　　　　└カキスタ亜門(Khakista)
　　　　　　　　　　└┬ボリド藻綱(Bolisophyxeae)
　　　　　　　　　　　└珪藻綱(Diatomeae)：～400属

Derelle et al.(2016)とは異なる系統図も提案されています。
【ストラメノパイルの系統推定】Cho et al.(2022)

　　┌オクロ植物(Ochrophyta)：不等毛植物(Heterokontophyta)
　┌┤┌卵菌(Oomycota)：ミズカビなど(旧菌界より)
┌┤└┤┌デベロペア(Developea)
┤│　└┴ピルソニア目(Pirsoniales)
│└サジェニスタ(Sagenista)：ツボカビなど
└オパロゾア(Opalozoa)
【不等毛植物周辺の系統概要】Andersen(2004)

┌紅藻(Rhodophytes)
┤　┌クリプト藻(Chryptophytes)
│┌┴アルベオラータ(Alveolata)
││　│┌渦鞭毛藻(Dianoflagellates)
└┤　└┴┬パーキンサス属(Perkinsus)
　│　　　└┬アピコンプレックス門(Apicomplexans)
　│　　　　└腺毛虫(Cilliates)：ゾウリムシ、テトラヒメナなど
　│┌ハプト藻(Haptophyte)
　└┤└┬(Pacolovophytes)
　　│　└(Prymnesiophytes)
　　└不等毛植物(Heterokont)
　　　│┌オパリナ属(Oparina), ペルソノスポア属：べと病菌(Peronodpora)
　　　└┤　┌ラビリンチュラ類(Labyrinthulids)/ヤブレツボカビ類(Thraustchytrids)
　　　　│┌┴ビコソエカ類(Biocosoecids)/無色鞭毛虫類(Colorless Flagellates)
　　　　└┤　┌デベロピエラ属(Developiella)
　　　　　│┌┤┌サカゲツボカビ綱(Hyphochytrids)
　　　　　└┤└┴卵菌綱(Öomycetes)(旧菌界より)
　　　　　　└不等毛藻(Heterokont algae)
　　　　　　　│　┌真正眼点藻(Eustigmatophytes)
　　　　　　　│┌┤┌シンクロマ藻綱(Synchromophyceae)
　　　　　　　││└┴黄金色藻綱(Chrysophyceae)
　　　　　　　└┤　┌ディクチオカ藻綱(Dictyochophyceae)
　　　　　　　　│┌┤┌ボリドモナス属(Bolidomonus)
　　　　　　　　└┤└┴珪藻類(Diatoms)
　　　　　　　　　│┌ペラゴ藻類(Pelagophytes)
　　　　　　　　　└┤┌ラフィド藻綱(Raphidophyceae)
　　　　　　　　　　└┤┌大褐藻綱(Phaeophyceae)
　　　　　　　　　　　└┤┌┬テトラスポロプシス属(Tetrasporopsis)
　　　　　　　　　　　　└┤└ギラウディオプシス馬(Giraudyiopsis)
　　　　　　　　　　　　　│┌黄緑藻綱(Xanthophyceae)
　　　　　　　　　　　　　└┤┌ファエオタミニオン属(Phaeothaminion)
　　　　　　　　　　　　　　└┴ピングイオ藻(Pinguiophytes)

【文献】
Derelle R, Lopez-Garcıa P, Timpano H and Moreira D (2016) A Phylogenomic Framework to Study the Diversity and Evolution of Stramenopiles (5Heterokonts), Mol Biol Evol, 33(11), 2890–2898, DOI: 10.1093/molbev/msw168, Accessed: 2024-08-26.
Adl SM, Bass D, Lane CE, Lukeš J, Schoch CL, Smirnov A, Agatha S, Berney C, Brown MW, Burki F, Cárdenas P, Čepička I, Chistyakova L, Campo Jd, Dunthorn M , Edvardsen B, Eglit Y, Guillou L, Hampl V, Heiss AA, Hoppenrath M, James TY, Karnkowska A, Sergey Karpovh,ab, Eunsoo Kimx, Koliskoe M, Kudryavtsev A, Lahr DJG,Lara E, Gall LL, Lynnag DH, Mann DG, Massan R, Mitchell EAD, Morrow C, Park JS, Pawlowski Powell MJ, Richter DJ, Rueckert, Shadwick L, Shimano S, Spiegelar FW, Torruella G, Youssef N, Zlatogurskyh V and Qianqian Zhangaw Q (2019) Revisions to the Classification, Nomenclature, and Diversity of Eukaryotes, J Eukaryot Microbiol, 66, 4-119, DOI: 10.1111/jeu.12691, Accessed: 2024-08-26.
井上勲 (2018) 藻類が牽引した地球進化と生物進化, Microb Resour Syst, 34(2), 52-72, URL: https://www.jsmrs.jp/journal/No34_2/No34_2_57.pdf, Accessed: 2024-08-26.
Cho A, Tikhonenkov DV, Hehenberger E, Karnkowska A, Mylnikov AP and Keeling PJ (2022) Monophyly of diverse Bigyromonadea and their impact on phylogenomic relationships within stramenopiles, DOI: 10.1016/j.ympev.2022.107468, Acceseed: 2024-08-28.
Franco AD, Baurain D, Glöckner G, Melkonian M and Philippe H (2021) Lower Statistical Support with Larger Data Sets: Insights from the Ochrophyta Radiation, Mol Biol Evol, 39(1):msab300, DOI: 10.1093/molbev/msab300, Accessed: 2024-08-27.
Andersen RA (2004) Biology and Systematics of Heterokont and Haptophyte Algae, Am J Bot, 91(10), 1508-1522, DOI: 10.3732/ajb.91.10.1508, Accessed: 2024-08-29.
Burki F, Shalchian-Tabrizi K, Minge M, Skjæveland Å, Nikolaev SI, Jakobsen KS and Pawlowski J (2007) Phylogenomics Reshuffles the Eukaryotic Supergroups. PLoS ONE, 2(8), e790, DOI: 10.1371/journal.pone.0000790, Accessed: 2024-08-29.

環形動物門の系統概要－写真整理

コメントを残す

　環形動物門(Annelida)は、かつての形態に基づく分類体系では独立門であったユムシ動物門、星口動物門、有鬚動物門を旧環形動物門へ統合して構成された門で、17,000種以上が記載されています(Weigert and Bleidorn,2016)。ミミズ、ゴカイ、ヒルなどが含まれますが、ゴカイ類(多毛類)が多系であることを初めとして門内系統の入れ子が多数確認されていて、系統には未整理の部分が多く残されている様です。

　【真核生物】【シダ類】【裸子植物】【被子植物】【哺乳類】【鳥類】【魚類】【昆虫類】【節足動物】

【環形動物門(Annelida)の系統関係】Weigert and Bleidorn (2016)

　　　┌定在類(Sedentaria)
　　　││　┌環帯類(Clitellata)：貧毛類(Oligochaeta)、ヒル類
　　　││┌┴┬フサゴカイ亜目(Terebelliformia)
　　　│││　└┬タマシキゴカイ科(Arenicolidae)
　　　│└┤　　└タケフシゴカイ科(Maldanidae)
　　　│　│┌ユムシ類(Echiura)【旧ユムシ動物】
　　　│　├┴┬イトゴカイ科(Capitellidae)
　　　│　│　└オフェリアゴカイ科(Opheliidae)
　　　│　│　┌スピオ科(Spionidae)
　　　│　│┌┴カンムリゴカイ科(Sabellariidae)
　　　│　├┤　┌カンザシゴカイ科(Serpulidae)
　　　│　│└┬┴ファブリシア科(Fabriciidae)
　　　│　│　└ケヤリ科(Sabellidae)
　　　│　│　┌ミズヒキゴカイ科(Cirratulinidae)
　　　│　│┌┴シボグリヌム科(Siboglinidae)【旧有鬚動物】
　　　│　└┤　　┌ホコサキゴカイ科(Orbiniidae)
　　　│　　│┌┬┴パレルゴドリルス科(Parergodrilidea)
　　　│　　└┤└ディウロドリルス科(Diurodrilidae)
　　　│　　　└┬ウジムカシゴカイ科(Dinophilidae)
　　　│　　　　└ホラアナゴカイ科(Nerillidae)
　　┌┴遊在類(Erranta)
　　│　│　　　　　┌チロリ亜目(Glyceriformia)
　　│　│　　　┌┬┴オヨギゴカイ科(Tomopteridae)
　　│　│　　┌┤└サシバゴカイ目(Phyllodocidae)
　　│　│　　│└┬ゴカイ科(Nereididae)
　　│　│　┌┤　└ネフティス科(Nephtyidae)
　　│　│　│└┬シリス科(Syllidae)
　　│　│┌┤　└┬ウロコムシ科(Polynoidae)
　　│　│││　　└ノラリウロコムシ科(Sigalionidae)
　　│　└┤│　　┌イソメ科(Eunicidae)
　　│　　││　┌┴ナナテイソメ科(Onuphidae)
　　│　　││┌┴ギボシイソメ科(Lumbrineridae)
　　│　　│└┴コイソメ科(Dorvilleidae)
　　│　　│　　┌プロトドリロイデス科(Protodriloidae)
　　│　　│　┌┴プロトドリルス科(Protodrilidae)
　　│　　│┌┴ムカシゴカイ科(Saccocirridae)
　　│　　├┴イイジマムカシゴカイ科(Polygordiidae)
　　│　　└スイクチムシ類(Myzostomida)
　┌┴┬星口動物(Sipuncula)【旧星口動物】
┌┤　└ウミケムシ科(Amphinomidae)
┤└ツバサゴカイ科(Chetopteridae)
└┬モロテゴカイ科(Magelonidae)
　└テマキゴカイ科(Oweniidae)
【環帯類(Clitellata) ヒル綱(Hirudinea) 顎ヒル目(Arhynchobdellida) ヒルド科(Hirudidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
ヤマビル属(Haemadipsa)
ヤマビル ヤマビル
 		Haemadipsa zeylanica japonica Japanese Common Chiton
【環帯類(Clitellata) 多毛綱(Polychaeta) サシバゴカイ目(Phyllodocida) ゴカイ科(Nereididae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
カワゴカイ属(Hediste)
アリアケカワゴカイ アリアケカワゴカイ
 		Hediste japonica Ragworm
【環帯類(Clitellata) 多毛綱(Polychaeta) イソメ目(Eunicida) イソメ科(Eunicidae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
イソメ属(Eunice)
オニイソメ オニイソメ
 		Eunice aphroditois Bobbit Worm
【文献】
Weigert A and Bleidorn C (2016) Current status of annelid phylogeny, Org Divers Evol, 16, 345–362, DOI: 10.1007/s13127-016-0265-7, Accessed: 2024-08-14.
山中征夫 (2007) ヤマビル(Haemadipsa zeylanica japonica)-日本で唯一の陸生吸血ビル-, 森林科学, 51(10), 10.11519/jjsk.51.0_4343-51, Accessed: 2024-08-13.
中野隆文 (2010) ヒル類の形態とその用語, タクサ, 29, 7-18, DOI: 10.19004/taxa.29.0_710.19004/taxa.29.0_7, Accessed: 2024-08-15.
内田亨監修 (1979) 新編日本動物圖鑑、793p, 北龍館、東京.
岡田要 (1957) 原色動物大圖鑑Ⅳ、46+247+32p、北龍館、東京.

アマモ科の写真整理

コメントを残す

　アマモ科(Zosteraceae)は、4属約20種で構成される海草で、温帯の浅海域を中心にして広く南北半球に分布しています(Coyer et al.,2013)。アマモ(Zostera marina)、スガモ(Phyllospadix iwatensis)などは、藻場の種たる構成種であり、多くの魚介類の産卵場、保育場となっています。さらに、広島湾での事例研究では、湾内のアマモ草体中の炭素量は164トンと概算されており(Tarawaki et al.,2002)、二酸化炭素固定に重要な役割を果たしていることからも注目されています。

　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

【オモダカ目(Alismatales) アマモ科(Zosteraceae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
アマモ属 Zostera
アマモ アマモ
 		Zostera marina Eel Grass
【文献】
Coyer JA, Hoarau Kuo GJ, Tronholm A, Veldsink J and Olsen JL (2013) Phylogeny and temporal divergence of the seagrass family Zosteraceae using one nuclear and three chloroplast loci, System Biodivers, 11(3), 271-284, 10.1080/14772000.2013.821187, Accessed: 2023-08-10.
Terawaki T, Tamaki H, Nishimura M Yoshikawa L and Yoshihda G (2002) Total amount of varbon and nitrogen in Zostera marina in Hiroshima Bay, western Seto inland Sea, Japan, Bull Fish Res Agen, 4, 25-32, 10.1371/journal.pone.0150890, Accessed: 2023-08-10.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-11.

ビブリス科の写真整理

コメントを残す

　ビブリス科(Byblidaceae)は、ビブリス属(Byblis)のみで構成される外観はモウセンゴケに似た食虫植物で、APG体系ではシソ目に置かれています(APG-IV,2016)。かつてのビブリス科にはビブリス属に加えてロリドゥラ属(Roridula)も含められていましたが、遺伝子配列を用いた検討の結果、両属の間には目レベルを超える違いのあることが明らかとなり(Conran and Doeb,1993)、ロリドゥラ属は、ロリドゥラ科(Roridulaceae)として分離されツツジ目に移されています。ビブリス属は、オーストラリアとニューギニアに分布しており、かつて2種だったのに加えて今世紀に入ってからも新種記載が続いていて現在8種となっている様です(Katogi and Hoshi,2022)。

　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

【ビブリス科周辺の系統推定図】(APG-IV,2016)

キク目群(Asterids)
│┌ミズキ目(Cornales)
││┌ツツジ目(Ericales)
└┤│└ロリドゥラ科(Roridulaceae)
　└┤┌キキョウ類(Campanulids)
　　│││┌モチノキ目(Aquifoliales)
　　││└┤┌キク目(Asterales)
　　││　└┼エスカロニア目(Escalloniales)
　　└┤　　└┬ブルニア目(Bruniales)
　　　│　　　└┬セリ目(Apiales)
　　　│　　　　└┬マツムシソウ目(Dipsacales)
　　　│　　　　　└パラクリフィア目(Paracryphiales)
　　　└シソ類(Lamiids)
　　　　│　　　┌ナス目(Solanales)
　　　　│　　　├シソ目(Lamiales)
　　　　│　　┌┤└ビブリス科(Byblidaceae)
　　　　│　　│├ヴァーリア目(Vahliales)
　　　　│　┌┤├リンドウ目(Gentianales)
　　　　│┌┤│└ムラサキ目(Boraginales)
　　　　└┤│└ガリア目(Garryales)
　　　　　│└メッテニウサ目(Metteniusales)
　　　　　└クロタキカズラ目(Icacinales)

【シソ目(Lamiales) ビブリス科(Byblidaceae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
ビブリス属 Byblis
ビブリス・リニフロラ ビブリス・リニフロラ
 		Byblis liniflora Australian Rainbow Plant
【文献】
Conran JG and Doeb JM (1993) The phylogenetic relationships of Byblis and Roridula (Byblidaceae-Roridulaccae) inferred from partial 18S ribosomal RNA sequences, Plant Syst Evol, 188, 73-86, DOI; 10.1007/bf00937837
Katogi T and Hoshi Y (2022) Determination of Chromosome Numbers and Genome Sizes in Six Species of Byblis (Byblidaceae), Cytologia 87(3), 277–280, DOI: 10.1508/cytologia.87.277, Accessed: 2023-07-11.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-11.

紅色植物の分類

コメントを残す

　紅色植物(Rhodophytea)は、陸上植物と緑藻からなる緑色植物の姉妹群と考えられているグループで、光合成に必要となるフィコビリン色素を結合する蛋白フィコエリスリン(phycoerythrin)に由来する紅色を呈することが多いため紅色植物または紅藻と呼ばれています。近年、栄養不足が原因とも言われるスサビノリの色落ち現象は、紅藻本来の色が現れたものと言えます。ただし、単細胞種の中には紅色の色素を作らない種もあるそうですので、色だけで識別することはできません。
　Ragan et al.(1994)によれば最大で680属6000種が記載されており、その後の遺伝子解析により2亜門7綱が単系として識別されています(Yoon et al.,2006)。紅藻類には食材として利用される種が多く含まれており、アマノリ類(該当する分類名なし)はウシケノリ綱(Xu et al.,2016)に、テングサ類(Gelidium sp.)は真正紅藻綱(Yang et al.,2016)に分類されています。さらに、イデユコゴメ綱の中には、レアアースを蓄積する種(Galdieria sulphuraria)が知られており(Minoda et al,2015)、工業利用の実用化が期待されます。

　維管束植物の分類【陸上植物、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

【紅藻植物門(Rhodophyta) 真正紅藻綱(Florideophyceae) マサゴシバリ目(Rhodymeniales) マサゴシバリ科(Rhodymeniaceae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
マサゴシバリ属 Rhodymenia
マサゴシバリ マサゴシバリ
 		Rhodymenia intricata －

【紅藻植物門(Rhodophyta) ウシケノリ綱(Bangiophyceae) ウシケノリ目(Bangiales) ウシケノリ科(Bangiaceae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
アマノリ属 Neopyropia
スサビノリ スサビノリ　スサビノリ
 		Neopyropia yezoensis Syn. Porphyra yezoensis Nori
【紅色植物(Rhodophyta)の系統概要】(Yoon et al.,2006)

　　┌紅色植物門(Rhodophyte)
　　││┌紅藻亜門(Rhodophytina)
　　││││　　　┌ウシケノリ綱(Bangiophyceae)
　　││││　　　│├タニウシケノリ(Bangia alropurpurea)
　　││││　　┌┤└チシマクロノリ(Porphyra purpurea)
　　││││　　│└真正紅藻綱(Floridaophyceae)
　　││││　┌┤　├ヤハズツノマタ(Chondrus crispus)
　　││││　││　└ダルス(Palmaria palmata)
　　││││┌┤└─ロデラ綱(Rhodellophyceae)
　　│└┤│││　　├(Dixoniella grisea)
　　│　││││　　└(Rhodella violacea)
　　│　│││└──チノリモ綱(Porphyridiphyseae)
　　│　│└┤　　　├(Flintiella sanguinaria)
　　│　│　│　　　└(Porphyridium aerugineum)
　　│　│　│┌──ベニミドロ綱(Stylonematophyceae)
　　│　│　││　　│　┌ベニミドロ(Stylonema alsidii)
　　│　│　└┤　　└┬┴(Rhodosorus marinus)
　　│　│　　│　　　└(ニセウシケノリBangiopsis subsimplex)
　　│　│　　└──オオイシソウ綱(Compsopogonophyceae)
　　│　│　　　　　├オオイシソウ(Compsopogon coerulens)
　　│　│　　　　　└(Rhodochaete parvula)
　　│　└イデユコゴメ亜門(Cyanidophytina)
　　│　　└イデユコゴメ綱(Cyanidophyceae)
　　│　　　│　　　┌シアニディオシゾン(Cyanidioschyzon merolae)
　　│　　　│　┌┬┴(Galdienia maxima)
　　│　　　│┌┤└イデユコゴメ(Cynanidium caldarium)
　┌┤　　　││└┬(Cyanidium sp. Sybil)
　││　　　└┤　└(Cyanidium sp. Monte Rotaro)
　││　　　　└┬(Galdieria sulphuraria DBV009)
　││　　　　　└(Galdieria sulphuraria SAG106-79)
┌┤└緑色植物亜界(Viridiplantae)
┤└─灰色植物門(Glaucophyta)
└──シアノバクテリア門(Cyanobacteria)
【文献】
Ragan MA, Bird CJ, Rice EL, Gutell RR, Murphy CA and Singh RK (1994) A molecular phylogeny of the marine red algae (Rhodophyta) based on the nuclear small-subunit rRNA gene, Proc Natl Acad Sci. 91(15), 7276-72800, DOI: 10.1073/pnas.91.15.7276, Accessed: 2024-08-03.
Yoon HS, Müller KM, Sheath RG, Ott FD and Bhattacharya D (2006) Defining the major lineages of Red Alfae (Rhodophyta), J Phycol, 42, 482–492, DOI: 10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x10.1111/j.1529-8817.2006.00210.x, Accessed: 2024-08-03.
Yang EC, Boo SM, Bhattacharya D, Saunders GW, Knoll AH, Fredericq S, Graf L and Yoon HS (2016) Divergence time estimates and the evolution of major lineages in the florideophyte red algae, Sci Rep, 6:21361, DOI: 10.1038/srep21361, Accessed: 2024-08-04.
Boo GH, Kim KM, Nelson WA, Riosmena-Rodríguez R, Yoon KJ and Boo SM (2014) Taxonomy and distribution of selected species of the agarophyte genus Gelidium (Gelidiales, Rhodophyta), J Appl Phycol, 26, 1243–1251, DOI: 10.1007/s10811-013-0111-7, Accessed: 2024-08-04.
Minoda A, Sawada Suzuki HS, Miyashita S, Inagaki K, Yamamoto T and Tsuzuki M (2015) Recovery of rare earth elements from the sulfothermophilic red alga Galdieria sulphuraria using aqueous acid Environmental biotechnology, Appl Microbiol Biotechnol, 99, 1513–1519, URL: https://doi.org/10.1007/s00253-014-6070-3, Accessed: 2024-08-04.
高橋昭善・大森雄治 (2009) 三浦半島海藻図鑑、208p、横須賀市自然・人文博物館、横須賀.

植物界の系統概要と当ブログでの収録数

コメントを残す

　以前に作図した系統図より、単純化されて緑藻類の基部が分かりやすくなった現在の植物界全体の系統図(Leebens-Mack et al.,2019)を見つけましたので、和訳再録しておきます。併せて、現時点での当ブログでの収録種数を、維管束植物について数えてみました。一部亜種を含む数なので、記載種約30万に対する当ブログでの収録種数は約2000種(0.7%)といったところです。
　維管束植物の分類【陸上植物、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】　【化石動物標本】

【植物界の系統推定図】(Leebens-Mack et al.,2019)

　　　　　　　　　　　　┌被子植物(Angiospermae)
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　　　　　┌コア・バラ目群(Core rosids)┐
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　　　　┌┴ユキノシタ目(Saxifragales) │
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　　　┌┴ブドウ目(Vitales)　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　　┌┴ビャクダン目(Santalales)　　　 │
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　┌┤　┌キク目群(Asterids)　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　│└┬┴ベルベリドプシス目　　　　　 ┝真正双子葉類　
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　│　│　　(Berberidopsidales)　　　　│ (Eudicots)
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　　│　└ナデシコ目(Caryophyllales)　　 │
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　┌┴グンネラ/ビワモドキ　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　　│　　(Gunnera and Dillenia)　　　　　 │
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　┌┴ツゲ/ヤマグルマ　　　　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　　│　　(Buxus and Trochodendron)　　　　　│
　　　　　　　　　　　　││　　　　　　┌┴ヤマモガシ目(Proteales)　　　　　　　　│
　　　　　　　　　　　　││　　　　　┌┴キンポウゲ類(Ranunculids)　　　　　　　　┘
　　　　　　　　　　　　││　　　　┌┴マツモ(Ceratophyllum demersum)
　　　　　　　　　　　　││　　　┌┴モクレン目群/センリョウ目(Magnoliids and Chloranthales)
　　　　　　　　　　　　││　　　│　　　┌ユリ目/キジカクシ目　　　　　┐
　　　　　　　　　　　　││　　　│　　　│　(Liliales and Asparagales) │
　　　　　　　　　　　　││　　　│　　┌┴ツユクサ目群(Commelinids)　　│
　　　　　　　　　　　　││　　┌┤　┌┴ヤマノイモ目/タコノキ目　　　　┝単子葉類
　　　　　　　　　　　　││　　││　│　　(Dioscoreales and Pandanales)│(Monocots)
　　　　　　　　　　　　││　　│└┬┴オモダカ目(Alismatales)　　　　　│
　　　　　　　　　　　　││　┌┤　└ショウブ(Acorus americanus)　　　　┘
　　　　　　　　　　　　││┌┤└アウストロバイレヤ目(Austrobaileyales) ┐
　　　　　　　　　　　┌┤└┤└スイレン目(Nymphaeales)　　　　　　　 　 ┝ANA側系統群
　　　　　　　　　　　││　└アンボレラ属(Amborella)　　　　　　　　　　┘(ANA grade)
　　　　　　　　　　　│└裸子植物(Gymnosperms)
　　　　　　　　　　　│　│　　　┌ヒノキ目(Cupressales)
　　　　　　　　　　┌┤　│　　┌┴ナンヨウスギ目(Araucariales)
　　　　　　　　　　││　│　┌┴マツ科(Pinaceae)
　　　　　　　　　┌┤│　│┌┴グネツム目(Gnetales)
　　　　　　　　　│││　└┴ソテツ類/イチョウ(Cycads and Ginkgo)
　　　　　　　　　││└大葉シダ類(Ferns)
　　　　　　　　┌┤│　│　　┌ウラボシ亜綱(Polypodiidae)
　　　　　　　　│││　│　┌┴リュウビンタイ亜綱(Marattiidae)
　　　　　　　　│││　│┌┴ハナヤスリ亜綱(Ophioglossidae)
　　　　　　　　│││　└┴トクサ亜綱(Equisetidae)
　　　　　　　　││└小葉植物(Lycophytes)
　　　　　　　　│└コケ植物(Bryophytes)
　　　　　　　　│　│　┌蘚類(Mosses)
　　　　　　　┌┤　│┌┴苔類(Liverworts)
　　　　　　┌┤│　└┴ツノゴケ類(Hornworts)
　　　　　　││└接合藻綱(Zygnematophyceae)　　　　　　　┐
　　　　　┌┤└コレオケーテ藻綱(Coleochaetales)　　　　　│
　　　　┌┤└シャジクモ属(Chara)　　　　　　　　　　　　 ┝ストレプト藻側系統群
　　　　│└クレブソルミジウム目(Klebsormidiales)　　　　 │(Streptophyte algae grade)
　　　┌┤　┌スピロテニア・ミヌタ(Spirotaenia minuta)　　│
　　　│└┬┴クロロキブス・アトモフィティクス　　　　　　│
　　　│　│　(Chlorokybus atmophyticus)　　　　　　　　　│
　　┌┤　└メソスティグマ・ビリデ(Mesostigma viride)　　 ┘
　┌┤└┬プラシノ藻目(Prasinococcales)　　　　　　　　　 ┐緑藻側系統群
┌┤│　└緑藻植物(Chlorophyta)　　　　　　　　　　　　　 ┴(Chlorophyte algae grade)
┤│└灰色植物(Glaucophytes)
│└紅色植物(Rhodophytes)
└外群(Outgroup)


注：側系統群(grade)は、現在の知見では多系と考えられていて従来体系との繋がりを確保するために階級を設定せずに仮置きされているグループで『段階群』の訳語もあります。一方、クレード(clade)は単系統であることは確認されていても階級が定められていないグループで訳語は『分岐群』です。グレードをクレードに置き換えていくのが、現在の分子系統整理の目的の一つとなっており、近年ではかつての『門』『綱』などの分類階級はあまり重視されなくなりつつあるようです。例えば、被子植物の分類体系であるAPG(Angiosperm Phylogeny Group)分類では、綱を設定せずに綱相当以上の高位群はすべてクレードまたはグレードとして扱っています。

【維管束植物の収録割合】2025-03-15時点

分類群(Taxon) 目
(Order)		 科
(Family)		 属
(Genus)		 種(亜種)
(Species)
維管束植物計 70 (82%) 235 (49%) 1141 (8.4%) 2252 (0.73%)
被子植物 50 (78%) 199 (48%) 1055 (8.0%) 2107 (0.71%)
裸子植物 7 (100%) 12 (100%) 40 (48%) 68 (6.3%)
大葉シダ 11 (100%) 22 (46%) 43 (13%) 67 (0.63%)
小葉植物 2 (67%) 2 (50%) 3 (17%) 9 (0.67%)

カッコ内の%値は、全記載数(推定値)に対する割合です。種数は亜種、変種、交配親が明らかな交配種を一部含みますが、品種はカウントしないようにしました。

【文献】
One Thousand Plant Transcriptomes Initiative (Leebens-Mack JH, Barker MS, Carpenter EJ, Deyholos MK, Gitzendanner MA, Graham SW, Grosse I, Li Z, Melkonian M, Mirarab S, Porsch M, Quint M, Rensing SA, Soltis DE, Soltis PS, Dennis W. Stevenson DW, Ullrich KK, Wickett NJ, DeGironimo L, Edger PP, Jordon-Thaden IE, Joya S, Liu T, Melkonian B, Miles NW, Pokorny L, Quigley C, Thomas P, Villarreal JC, Augustin MM, Barrett MD, Baucom RS, Beerling DJ, Benstein RM, Biffin E, Brockington SF, Burge DO, Burris JN, Burris KP, Burtet-Sarramegna V, Caicedo AL, Cannon SB, Çebi Z, Chang Y, Chater C, Cheeseman JM, Chen T, Clarke ND, Clayton H, Covshoff S, Crandall-Stotler BJ, Cross H, dePamphilis CW, Der JP, Determann R, Dickson RC, Stilio Shona Ellis S, Fast E, Nicole Feja N, Field KJ, Filatov DA, Finnegan PM, Floyd SK, Fogliani B, García N, Gâteblé G, Godden GT, Goh F(QU), Greiner S, Harkess A, Heaney JM, Helliwell KE, Heyduk K, Hibberd JM, Hodel RGJ, Hollingsworth PM, Johnson MTJ, Jost R, Joyce B, Kapralov MV, Kazamia E, Kellogg EA, Koch MA, Konrat MV, Könyves K, Kutchan TM, Lam V, Larsson A, Leitch AR, Lentz R, Li F-W, Lowe AJ, Ludwig M, Manos PS, Mavrodiev E, McCormick MK, McKain M, McLellan T, McNeal JR, Miller RE, Nelson MN, Peng Y, Ralph P, Real D, Riggins CW, Ruhsam M, Sage RF, Sakai AK, Scascitella M, Schilling EE, Schlösser E-M, Sederoff H, Servick S, Sessa EB, Shaw AJ, Shaw SW, Sigel EM, Skema C, Smith AG, Smithson A, Stewart JrCN, Stinchcombe JR, Szövényi P, Tate JA, Tiebel H, Trapnell D, Villegente M, Wang C-N, Weller SG, Wenzel M, Weststrand S, Westwood JH, Whigham DF, Wu S, Wulff AS, Yang Y, Zhu D, Zhuang C, Zuidof J, Chase MW, Pires JC, Rothfels CJ, Yu J, Chen C, Chen L, Cheng S, Li J, Li R, Li X, Lu H, Ou Y, Sun X, Tan X, Tang J, Tian Z, Wang F, Wang J, Wei X, Xu X, Yan Z, Yang F, Zhong X, Zhou F, Zhu Y, Zhang Y, Ayyampalayam S, Barkman TJ, Nguyen N-P, Matasci N, Nelson DR, Sayyari E, Wafula EK, Walls RL, Warnow T, An H, Arrigo N, Baniaga AE, Sally Galuska S, Jorgensen SA, Kidder TI, Kong H, Lu-Irving P, Marx HE, Qi X, Reardon CR, Sutherland BL, Tiley GP, Welles SR, Yu R, Zhan S, Gramzow L, Theißen G and Wong GK-S (2019) One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants, Nature, 574(31), 679-685, DOI: 10.1038/s41586-019-1693-2, Accessed: 2024-07-29.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-07.
Pteridophyte Phylogeny Group (2016)　A Community-derived Classification for Extant Lycophytes and ferns, J System Evol, 54(6), 563–603, DOI: 10.1111/jse.12229, Accessed: 2023-11-19.
Christenhusz MJM and Byng JW (2016) The number of known plants species in the world and its annual increase, Phytotaxa. 261(3), 201–217. DOI: 10.11646/phytotaxa.261.3.1, Accessed: 2023-10-05.

【文献紹介】生物系統学(三中,1997)

コメントを残す

　ポスドク時代に同じ科だった先輩から(著者割で)お頒けいただいた一冊です。当時は勿論、今でも系統学のスタンダードな教科書ではないかと思います。今でこそ、クレード、グレートの等のタームはWikiPediaにも載っているくらいポピュラーになっていますが、当時はどこの辞書にも載っていませんでしたので、大変新鮮に感じたことを想い出します。あの頃の私は、字面では理解できたものの、この本の本質は理解できていなかったのだと思います。単にテクニックを示すだけではなく、著者の想いが込められている佳書ですから、我国での系統学黎明期を飾るマイルストーンと言える一冊です。

　出版から四半世紀を過ぎた今、他にも良書は有るのかも知れませんが、私にとっては大切な一冊となっています。三中氏は、進化学を中心話題としたメーリングリスト『Evolve』の主催者でもありましたので、いろいろと勉強させて頂きました。今にして思えば、献辞サインくらい戴いておけばよかったと悔やまれますが、(自筆の)メモ書きが挟まっていて、日めくりの裏紙だっことに今更気づきました。これも氏の人柄を忍ばせる良き思い出となっています。


【文献】
三中信弘 (1997) 生物系統学、458p、東京大学出版会、東京.
　第1章-なぜ系統を復元するのか
　第2章-系統とはなにか
　第3章-分岐学－その起源と発展
　第4章-分岐学に基づく系統推定
　第5章-系統が語る言葉

Pooh wonderred if being a faithful Knihght meant that you just went on being faithful without being told things. The House At Pooh Corner
「プーは、忠実な騎士であるということは、何も言われなくてもただ忠実であり続けることなのかと考えました。」プー横町に建った家

緑藻植物の分類

コメントを残す

　これまでの定義による緑藻類は多系であることが微細形態や遺伝子の解析により明らかとなったため、車軸藻を陸上植物に近い別のクレードとして定義することを初めとして、分類体系は大きく組み替えられています。下図は葉緑体の遺伝子配列に基づく系統推定の一例です。この図では接合藻が描かれていないのですが、最近の解析結果によれば接合藻はプラシノ藻よりさらに陸上植物に近い位置に配置されるという報告(Gontcharov,2008; 鈴木,2021)もあります。接合藻が現在仮置きされているストレプト藻が側系統であることは間違いない様ですので、近い将来、門を越えての移動が広く受け入れられていくと思われます。
　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

【緑藻植物周辺の系統図】(Fang et al.,2017)

┌車軸藻植物と陸上植物(Charophyte Green Algae and Land Plants)
┤
└緑藻植物門(Chlorophyta)
　└┬─────プラシノ藻綱(Prasinophytes)
　　└コア緑藻植物門(Core Chlorophyta)
　　　│┌───ペディノ藻綱(Pedinophyceae)
　　　└┼───クロロデンドロン藻綱(Chlorodendrophyceae)
　　　　└┬────クロレラ目(Chlorellales)　　　　　　　　　　┬トレボウクシア藻綱
　　　　　└┬─コア・トレボウクシア藻綱(Core Trebouxiophyceae) ┘(Trebouxiophyceae)
　　　　　　└┬アオサ藻綱(Ulvophyceae)
　　　　　　　└緑藻綱(Chlorophyceae)

　再編後も残されている狭義の緑藻綱は、恐らく単系になったと思われますが、下位分類についてはブートストラップ法による再現性が不十分で、未だ定まっていないようです(Müller et al.,2004)。

【緑藻植物門(Chlorophyta) アオサ藻綱(Ulvophyceae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
アオサ目(Ulvales) アオサ科(Ulvaceae) アオサ属 Ulva
アナアオサ アナアオサ
 Ulva australis Sea Lettuce
スミレモ目(Trentepohliales) スミレモ科(Trentepohliaceae) スミレモ属 Trentepohlia
スミレモ スミレモ
 Trentepohlia aurea Ulvophytes
【ストレプト植物門(Streptophyta) 接合藻綱(Zygnematophyceae)】

和名 (Japanese Name) 画像 (Image) 学名 (Latin name) 英語名 (English name)
アオミドロ目(Spirogyrales) アオミドロ科(Spirogyraceae) アオミドロ属 Spirogyra
アオミドロ アオミドロ
 Spirogyra sp. Pond Scum
【文献】
Fang L, Leliaert F, Zhang X-H, Penny D and Zhong B-J (2017) Evolution of the Chlorophyta: Insights from chloroplast phylogenomic analyses, J Syst Evol, 55(4), 322-332, DOI: 10.1111/jse.12248, Accessed: 2024-07-27.
Gontcharov AA (2008) Phylogeny and classification of Zygnematophyceae (Streptophyta): current state of affairs, Fottea, 8(2), 87–104, DOI: 10.5507/fot.2008.004, Accessed: 2024-07-28.
鈴木重勝 (2021) 比較ゲノム解析より明らかにされた緑色植物の初期進化, Jpn. J. Phycol. (Sôrui) 69: 86–94, URL: http://sourui.org/publications/sorui/list/Sourui_PDF/Sourui69(2)_86.pdf, Accessed: 2024-07-28.
Müller T, Rahmann S, Dandekar T and Wolf M (2004) Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta), BMC Evol Biol, 4:20, DOI: 10.1186/1471-2148-4-20, Accessed: 2024-09-15.