以前に作図した系統図より、単純化されて緑藻類の基部が分かりやすくなった現在の植物界全体の系統図(Leebens-Mack et al.,2019)を見つけましたので、和訳再録しておきます。併せて、現時点での当ブログでの収録種数を、維管束植物について数えてみました。一部亜種を含む数なので、記載種約30万に対する当ブログでの収録種数は約2000種(0.7%)といったところです。
　維管束植物の分類【陸上植物、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

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【植物界の系統推定図】(Leebens-Mack et al.,2019)

注：側系統群(grade)は、現在の知見では多系と考えられていて従来体系との繋がりを確保するために階級を設定せずに仮置きされているグループで『段階群』の訳語もあります。一方、クレード(clade)は単系統であることは確認されていても階級が定められていないグループで訳語は『分岐群』です。グレードをクレードに置き換えていくのが、現在の分子系統整理の目的の一つとなっており、近年ではかつての『門』『綱』などの分類階級はあまり重視されなくなりつつあるようです。例えば、被子植物の分類体系であるAPG(Angiosperm Phylogeny Group)分類では、綱を設定せずに綱相当以上の高位群はすべてクレードまたはグレードとして扱っています。

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【維管束植物の収録割合】2024-11-10時点

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【文献】
One Thousand Plant Transcriptomes Initiative (Leebens-Mack JH, Barker MS, Carpenter EJ, Deyholos MK, Gitzendanner MA, Graham SW, Grosse I, Li Z, Melkonian M, Mirarab S, Porsch M, Quint M, Rensing SA, Soltis DE, Soltis PS, Dennis W. Stevenson DW, Ullrich KK, Wickett NJ, DeGironimo L, Edger PP, Jordon-Thaden IE, Joya S, Liu T, Melkonian B, Miles NW, Pokorny L, Quigley C, Thomas P, Villarreal JC, Augustin MM, Barrett MD, Baucom RS, Beerling DJ, Benstein RM, Biffin E, Brockington SF, Burge DO, Burris JN, Burris KP, Burtet-Sarramegna V, Caicedo AL, Cannon SB, Çebi Z, Chang Y, Chater C, Cheeseman JM, Chen T, Clarke ND, Clayton H, Covshoff S, Crandall-Stotler BJ, Cross H, dePamphilis CW, Der JP, Determann R, Dickson RC, Stilio Shona Ellis S, Fast E, Nicole Feja N, Field KJ, Filatov DA, Finnegan PM, Floyd SK, Fogliani B, García N, Gâteblé G, Godden GT, Goh F(QU), Greiner S, Harkess A, Heaney JM, Helliwell KE, Heyduk K, Hibberd JM, Hodel RGJ, Hollingsworth PM, Johnson MTJ, Jost R, Joyce B, Kapralov MV, Kazamia E, Kellogg EA, Koch MA, Konrat MV, Könyves K, Kutchan TM, Lam V, Larsson A, Leitch AR, Lentz R, Li F-W, Lowe AJ, Ludwig M, Manos PS, Mavrodiev E, McCormick MK, McKain M, McLellan T, McNeal JR, Miller RE, Nelson MN, Peng Y, Ralph P, Real D, Riggins CW, Ruhsam M, Sage RF, Sakai AK, Scascitella M, Schilling EE, Schlösser E-M, Sederoff H, Servick S, Sessa EB, Shaw AJ, Shaw SW, Sigel EM, Skema C, Smith AG, Smithson A, Stewart JrCN, Stinchcombe JR, Szövényi P, Tate JA, Tiebel H, Trapnell D, Villegente M, Wang C-N, Weller SG, Wenzel M, Weststrand S, Westwood JH, Whigham DF, Wu S, Wulff AS, Yang Y, Zhu D, Zhuang C, Zuidof J, Chase MW, Pires JC, Rothfels CJ, Yu J, Chen C, Chen L, Cheng S, Li J, Li R, Li X, Lu H, Ou Y, Sun X, Tan X, Tang J, Tian Z, Wang F, Wang J, Wei X, Xu X, Yan Z, Yang F, Zhong X, Zhou F, Zhu Y, Zhang Y, Ayyampalayam S, Barkman TJ, Nguyen N-P, Matasci N, Nelson DR, Sayyari E, Wafula EK, Walls RL, Warnow T, An H, Arrigo N, Baniaga AE, Sally Galuska S, Jorgensen SA, Kidder TI, Kong H, Lu-Irving P, Marx HE, Qi X, Reardon CR, Sutherland BL, Tiley GP, Welles SR, Yu R, Zhan S, Gramzow L, Theißen G and Wong GK-S (2019) One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants, Nature, 574(31), 679-685, DOI: 10.1038/s41586-019-1693-2, Accessed: 2024-07-29.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-07.
Pteridophyte Phylogeny Group (2016)　A Community-derived Classification for Extant Lycophytes and ferns, J System Evol, 54(6), 563–603, DOI: 10.1111/jse.12229, Accessed: 2023-11-19.
Christenhusz MJM and Byng JW (2016) The number of known plants species in the world and its annual increase, Phytotaxa. 261(3), 201–217. DOI: 10.11646/phytotaxa.261.3.1, Accessed: 2023-10-05.

　ポスドク時代に同じ科だった先輩から(著者割で)お頒けいただいた一冊です。当時は勿論、今でも系統学のスタンダードな教科書ではないかと思います。今でこそ、クレード、グレートの等のタームはWikiPediaにも載っているくらいポピュラーになっていますが、当時はどこの辞書にも載っていませんでしたので、大変新鮮に感じたことを想い出します。あの頃の私は、字面では理解できたものの、この本の本質は理解できていなかったのだと思います。単にテクニックを示すだけではなく、著者の想いが込められている佳書ですから、我国での系統学黎明期を飾るマイルストーンと言える一冊です。

　出版から四半世紀を過ぎた今、他にも良書は有るのかも知れませんが、私にとっては大切な一冊となっています。三中氏は、進化学を中心話題としたメーリングリスト『Evolve』の主催者でもありましたので、いろいろと勉強させて頂きました。今にして思えば、献辞サインくらい戴いておけばよかったと悔やまれますが、(自筆の)メモ書きが挟まっていて、日めくりの裏紙だっことに今更気づきました。これも氏の人柄を忍ばせる良き思い出となっています。

【文献】
三中信弘 (1997) 生物系統学、458p、東京大学出版会、東京.
　第1章-なぜ系統を復元するのか
　第2章-系統とはなにか
　第3章-分岐学－その起源と発展
　第4章-分岐学に基づく系統推定
　第5章-系統が語る言葉

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Pooh wonderred if being a faithful Knihght meant that you just went on being faithful without being told things. The House At Pooh Corner
「プーは、忠実な騎士であるということは、何も言われなくてもただ忠実であり続けることなのかと考えました。」プー横町に建った家

　これまでの定義による緑藻類は多系であることが微細形態や遺伝子の解析により明らかとなったため、車軸藻を陸上植物に近い別のクレードとして定義することを初めとして、分類体系は大きく組み替えられています。下図は葉緑体の遺伝子配列に基づく系統推定の一例です。この図では接合藻が描かれていないのですが、最近の解析結果によれば接合藻はプラシノ藻よりさらに陸上植物に近い位置に配置されるという報告(Gontcharov,2008; 鈴木,2021)もあります。接合藻が現在仮置きされているストレプト藻が側系統であることは間違いない様ですので、近い将来、門を越えての移動があると思われます。
　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

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【緑藻植物周辺の系統図】(Fang et al.,2017)

　再編後も残されている狭義の緑藻綱は、恐らく単系になったと思われますが、下位分類についてはブートストラップ法による再現性が不十分で、未だ定まっていないようです(Müller et al.,2004)。

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【緑藻植物門(Chlorophyta) アオサ藻綱(Ulvophyceae)】

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
アオサ目(Ulvales) アオサ科(Ulvaceae) アオサ属 Ulva
アナアオサ		Ulva australis	Sea Lettuce
スミレモ目(Trentepohliales) スミレモ科(Trentepohliaceae) スミレモ属 Trentepohlia
スミレモ		Trentepohlia aurea	Ulvophytes

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【ストレプト植物門(Streptophyta) 接合藻綱(Zygnematophyceae)】

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
アオミドロ目(Spirogyrales) アオミドロ科(Spirogyraceae) アオミドロ属 Spirogyra
アオミドロ		Spirogyra sp.	Pond Scum

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【文献】
Fang L, Leliaert F, Zhang X-H, Penny D and Zhong B-J (2017) Evolution of the Chlorophyta: Insights from chloroplast phylogenomic analyses, J Syst Evol, 55(4), 322-332, DOI: 10.1111/jse.12248, Accessed: 2024-07-27.
Gontcharov AA (2008) Phylogeny and classification of Zygnematophyceae (Streptophyta): current state of affairs, Fottea, 8(2), 87–104, DOI: 10.5507/fot.2008.004, Accessed: 2024-07-28.
鈴木重勝 (2021) 比較ゲノム解析より明らかにされた緑色植物の初期進化, Jpn. J. Phycol. (Sôrui) 69: 86–94, URL: http://sourui.org/publications/sorui/list/Sourui_PDF/Sourui69(2)_86.pdf, Accessed: 2024-07-28.
Müller T, Rahmann S, Dandekar T and Wolf M (2004) Accurate and robust phylogeny estimation based on profile distances: a study of the Chlorophyceae (Chlorophyta), BMC Evol Biol, 4:20, DOI: 10.1186/1471-2148-4-20, Accessed: 2024-09-15.

　ツルキジノオ科(Lomariopsidaceae)は、かつてはオシダ科に属していましたが(大井,1957)、現在ではオシダ科から独立し(PPG-I,2016)、同様にシノブ科から独立したタマシダ科(Nephrolepidaceae)が姉妹群と考えられています(Hennequin et al.,2010)。

　維管束植物の分類【シダ類】【裸子植物】【被子植物】

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【ツルキジノオ科(Lomariopsidaceae)】薄嚢シダ亜綱(Polypodiidae)ウラボシ目(Polypodiales)ウラボシ亜目(Polypodiineae(Eupolypods I))

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
ヘツカシダ属 Bolbitis
ムニンヘツカシダ		Bolbitis quoyana	－

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【文献】
大井次三郎(1957)日本植物誌シダ編、244p.、至文堂、東京.
Hennequin S, Hovenkamp P, Christenhusz MJM and Schneider H (2010) Phylogenetics and biogeography of Nephrolepis – a tale of old settlers and young tramps, Bot J Kinnean Soc, 164, 113-127, 10.1111/j.1095-8339.2010.01076.x, Accessed: 2023-12-17.
Nitta JH, Schuettpelz E, Ramírez-Barahona S and Iwasaki W (2022) An open and continuously updated fern tree of life, Front Planr Sci, 13:909768, 17p, DOI: 10.3389/fpls.2022.909768, Accessed: 2023-11-28.
Pteridophyte Phylogeny Group (2016)　A Community-derived Classification for Extant Lycophytes and ferns, J System Evol, 54(6), 563–603, DOI: 10.1111/jse.12229, Accessed: 2023-11-26.
Shen H, Jin D, Shu J-P, Zhou X-L, Lei M, Wei R, Shang H, Wei H-J, Zhang R, Liu L, Gu Y-F, Zhang X-C and Yan Y-H (2018) Large-scale phylogenomic analysis resolves a backbone phylogeny in ferns, GigaScience, 7, 2018, 1–11, DOI: 10.1093/gigascience/gix116, Accessed: 2023-11-18.

　マツバラン科(Psilotaceae)は、6属111種からなるグループで(PPG-I,2016)、その特異な形態故に、かつてはシダ類の中でも早い時期に分岐したと考えられていて、シダ類のリストの最初に記載されていました(大井,1957,田川,1959)が、現在ではハナヤスリ科が姉妹群と考えられています。神奈川県内でも多数の確認記録があり、近年分布を拡大している可能性もあるようです(神奈川県植物誌,2018)。本邦でのマツバラン科は、1種1種のみとされていますが、江戸時代には多数の品種が栽培されたことが記録に残されています(松葉蘭譜など)。

　維管束植物の分類【シダ類】【裸子植物】【被子植物】

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【マツバラン科(Psilotaceae)】ハナヤスリ亜綱(Ophioglossidae)ハナヤスリ目(Ophioglossales)

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
マツバラン属 Psilotum
マツバラン		Psilotum nudum	Whisk Fern

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【文献】
神奈川県植物誌調査会(2018)神奈川県植物誌2018(上)、p23.
大井次三郎(1957)日本植物誌シダ編、244p.、至文堂、東京.
田川基ニ(1959)原色日本羊歯類植物図鑑、270p、保育社、東京.
長生舎主人 (江戸後期) 松葉蘭譜、URL: https://da.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/portal/assets/500f5779-8c3a-0ac0-2597-1b6c4fad0d5b?pos=1, Accessed: 2024-07-09.
正宗巖敬(1952)マツバランの分布について、植物研究雑誌、27(3), 10, URL: https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjapbot/27/3/27_27_3_3397/_pdf/-char/ja, , Accessed: 2024-07-09.
Pteridophyte Phylogeny Group (2016)　A Community-derived Classification for Extant Lycophytes and ferns, J System Evol, 54(6), 563–603, DOI: 10.1111/jse.12229, Accessed: 2023-11-19.

　ヒカゲノカズラ科(Lycopodiaceae)は、16属388種が記載されており、葉脈が1本のみで、胞子で繁殖するグループである小葉植物亜門ヒカゲノカズラ綱に属する科としては最大の科です(PPG-I,2016)。科内には3つの亜科が識別されていて、下記の系統関係が推定されています(Xu et al.,2019)。

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　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

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【ヒカゲノカズラ目(Lycopodiales) ヒカゲノカズラ科(Lycopodiaceae)】

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
コスギラン亜科(Huperzioideae)　コスギラン属 Huperzia
ムカデカズラ		Huperzia squarrosa	Rock Tassel Fern
コスギラン亜科(Huperzioideae)　　ヨウラクヒバ属 Phlegmariurus
ヨウラクヒバ		Phlegmariurus phlegmaria	Coarse Tassel Fern

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【文献】
Xu M, Heidmarsson S, Boer HJd, Anneleen Kool A and Olafsdottir E (2019) Ethnopharmacology of the club moss subfamily Huperzioideae (Lycopodiaceae, Lycopodiophyta): a phylogenetic and chemosystematic perspective, J Ethnopharmacol, 245, 112130, DOI: 10.1016/j.jep.2019.112130, Accessed: 2024-07-06.
Pteridophyte Phylogeny Group (2016)　A Community-derived Classification for Extant Lycophytes and ferns, J System Evol, 54(6), 563–603, DOI: , Accessed: 2023-11-19.

　ワサビノキ科(Moringaceae)は、1属13科で構成されるコンパクトな科でパパイア科(Caricaceae)の姉妹群と考えられています(Olson,2002)。ワサビノキ(Moringa oleifera)は、南インドではごく普通な野菜として利用されていて、一見して立派なインゲンマメの様な実をカレーの具材にしているのを食したことがあります。
　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

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【アブラナ目(Brassicales) ワサビノキ科(Moringaceae)】

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
ワサビノキ属 Moringa
ワサビノキ		Moringa oleifera	Drumstick Tree

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【文献】
Olson ME (200) Combining Data from DNA Sequences and Morphology for a Phylogeny of Moringaceae (Brassicales), System Bot, 27(1), 55–73, URL: https://www.formad-environnement.org/Olson2002_Moringa_phylogeny.pdf, Accessed: 2024-06-26.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-11.

　カンラン科(Burseraceae)は、約18属680種が記載されていて、熱帯域を中心に分布しています(Clarkson et al.,2002)。近年の分類体系ではムクロジ目に置かれていて、ウルシ科が姉妹群と考えられています(Joyce et al.,2023)。
　東南アジアに分布する橄欖(カンラン)(Canarium album)は、種子(核果)が食用あるいは搾油原料として利用され(Morgen and Wiary,2011)、我が国でも九州以南では栽培されることがあるそうです。よく混同されるモクセイ科のオリーブ(洋橄欖(ヨウカンラン)、Olea europaea)とは、分類的にはかなり異なっています。

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【ムクロジ目(Sapindales)の系統概要】Joyce et a.l,(2023)

　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

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【ムクロジ目(Sapindales) カンラン科(Burseraceae)】

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
カンラン属 Canarium
カンラン		Canarium album	White Olive

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【文献】
Clarkson JJ, Chase MW and Harley MM (2002) Phylogenetic relationships in Burseraceae based on plasmid rps16 intron sequenes, Kew Bullerin, 57, 183-193, DOI: 10.2307/4110826, Accessed: 2024-06-30.
Joyce EM, Appelhans MS, Buerki S, Cheek M, Vos JMd, Pirani JR, Zuntini AR, Bachelier JB, Bayly MJ, Callmander MW, Devecchi MF, Pell SK, Groppo M, Lowry II PP, Mitchell J, Siniscalchi CM, Munzinger J, Orel HK, Pannell CM, Nauheimer L, Sauquet H, Weeks A, Muellner-Riehl AN, Leitch IJ, Maurin O, Forest F, Nargar K, Thiele KR, Baker WJ and Crayn DM (2023) Phylogenomic analyses of Sapindales support new family relationships, rapid MidCretaceous Hothouse diversification, and heterogeneous histories of gene duplication, Front Plant Sci, 14:1063174, DOI: 10.3389/fpls.2023.1063174, Accessed: 2024-06-30.
Becerra JX, Noge K, Olivier S and Venable DL (2012) The monophyly of Bursera and its impact for divergence times of Burseraceae, 10.1002/tax.612005, TAXON, 61(2),333–343, Accessed: 2024-06-30.
Daly DC, PerdizRO, Fine PVA, Damasco C, Martínez‑Habibe MC and Calvillo‑Canadell L (2022) A review of Neotropical Burseraceae, Brazilian J Bot, 45, 103–137, DOI: 10.1007/s40415-021-00765-1, Accessed: 2024-06-30.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-11.

　キントラノオ科(Malpigiaceae)は、77属最大1300種からなる科で、科内には14のクレードが認められています(Davis and Anderson,2010)。分布の中心は熱帯域なのであまり見かけることはありませんが、実のビタミンC含量が高いので機能性食品原料とされるアセロラ(Malpighia emarginata)の名がよく知られています。
　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

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【キントラノオ目(Malpighiales)　キントラノオ科(Malpigiaceae)】

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
ヒイラギトラノオ属 Malpighia
ヒイラギトラノオ		Malpighia coccigera	Singapore Holly
アセロラ		Malpighia emarginata	Acerola
コウシュンカズラ属 Tristellateria
コウシュンカズラ		Tristellateria australasiae	Maiden’s Jealousy

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【文献】
Davis CC and Anderson WR (2010) A Complate Generic Phylogeny of Malpighiaceae
Inferred form nucleotide Sequence data and Morphology, Am J Bot, 97(12), 2031-2048, DOI: 10.3732/ajb.1000146, Accessed: 2024-06-29.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-11.

　ツゲモドキ科(Putranjivaceae)は、熱帯域を中心に分布する木本種の2属約216種により構成されます(Christenhusz and Byng,2016)。エングラー体系による旧分類ではトウダイグサ科コミカンソウ亜科とされましたが、現在のAPG体系ではコミカンソウ科とともに独立科となっています(APG-IV,2016)。
　維管束植物の分類【概要、小葉植物と大葉シダ植物、裸子植物、被子植物(APG-IV体系)】【生物系統樹】

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【ツゲモドキ科周辺の系統】(Wurdack et al.,2004)

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【キントラノオ目(Malpighiales)　ツゲモドキ科(Putranjivaceae)】

和名 (Japanese Name)	画像 (Image)	学名 (Latin name)	英語名 (English name)
テリハボク亜科(Garcinieae)　ツゲモドキ属 Drypetes
ハツバキ		Drypetes integerrima	－

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【文献】
Wurdack KJ, Hoffmann P, Samuel R, Bruijn Ad, Bank Mvd, Chase MW (2004) Molecular phylogenetic analysis of Phyllanthaceae (Phyllanthoideae pro parte, Euphorbiaceae sensu lato) using plastid RBCL DNA sequences, Am J Bot, 91(11), 1882-1900, DOI: 10.3732/ajb.91.11.1882, Accessed: 2024-07-15.
Christenhusz MJM and Byng JW (2016) The number of known plants species in the world and its annual increase, Phytotaxa. 261(3), 201–217. DOI: 10.11646/phytotaxa.261.3.1, Accessed: 2023-10-05.
The Angiosperm Phylogeny Group and others (2016) An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV, Botanical Journal of the Linnean Society, 181(1), 1–20, DOI: 10.1111/boj.12385, Accessed: 2023-07-11.